在本世纪初，因为恐怖分子袭击阿赖耶识研究所基因实验基地的关系，导致特殊病毒的泄露，从此人类的大脑当中出现了变异，开始能够看到一些幽灵般的存在——“phantom（怪灵）”。而在此次事件前后出生的孩子当中，一部分人就拥有能够跟怪灵战斗的能力，为此防卫省也于中小学内成立“脑功能异常对策室”，安排孩子们解决怪灵问题。主人公·赫塞亚学院高一学生一条晴彦便是其中的一员，而他跟前辈川神舞、被称为“怪灵吞噬者”的和泉玲奈以及“反怪灵要员”水无濑小糸一起投入到同怪灵的作战，然而世界的真相还在等待他们去揭开……
东京，池袋。
向往都市生活的少年龙之峰帝人接受从小一起玩到大的好友纪田正臣邀约离开家乡来到东京进入池袋来良学园上学。
而在池袋有几个绝对不能招惹的人物，尤其是被誉为“最强”的平和岛静雄和经营情报屋的折原临也这两个人。另外，池袋有一个正体不明的独色帮组织，名叫“Dollars”。
然而，就在上京的第一天，因为对池袋复杂的关系而感到不安的帝人就亲眼目睹了骑着黑色摩托在街头穿行的都市传说“无头骑士”——塞尔提·史特路尔森。
于是，随着池袋接连发生的砍人魔事件，无头骑士、Dollars、砍人魔、黄巾贼等陆续浮出水面，围绕着一串串谜团，池袋正面临着崩坏中，一连串非日常的故事开始了。
视觉图故事讲述了一个名叫藤沼悟的三流漫画家有着一个名为“再上映”的能力（再上映：每当周围发生恐怖的事之后，他就会在这个事件发生之前的一个时间点去阻止这个事件的发生，失败就会一直重复回到这个时间点）。当有一次回到家中的时候发现自己的母亲被杀，而自己又被嫁祸成杀人凶手的时候发生了再上映，这一次却回到了十八年前。只有小学五年级的自己，这次要拯救的不仅是自己十八年后将会死亡的母亲，还有当时自己班级中被杀害的同学。。。
闪耀着蓝色光辉的矿石“吉夫特矿石（Gifuto Ziumu）”所覆盖的大地，行星吉夫特。宗吾·天城是住在因吉夫特矿石采掘而繁荣的小镇，靛蓝花园的纯朴少年。以收集稀少矿石为乐趣的宗吾，某天被卷入同级生卡恩、罗曼、欧特等人引发的骚动，迷失在矿山深处的地底湖。在那里，宗吾遇到了一位不可思议的少女。随风飘逸的蓝色长发，直直凝视的红色瞳孔。她究竟是什么人，这次邂逅给宗吾带来了什么？随后，缔结的羁绊将打开通往冒险的大门！
四大公爵家贝萨流士家的下一任当家奥兹·贝萨流士，在15岁的成人仪式中因他的存在这种莫须有的罪名，被阿嵬茨的使者流放至阿嵬茨这个黑暗监狱中。之后，奥兹在阿嵬茨中与被称作“染血黑兔”的连锁“艾莉丝”相遇，并借着与她订下契约逃脱牢狱。逃出后，奥兹开始追寻自己被使者判罪的理由，并帮助艾莉丝追寻她丧失的记忆。
故事设定在一个身怀魔力的人类濒临灭绝的世界，武力的最高境界从使用利剑，转而到使用魔法，继而变成了使用枪械。就读于培训用以取缔残存魔力威胁的“异端审问官”专业机关——“对魔导学园”的男主角草薙哮，是个完全不会使用枪械，只靠一柄刀与敌人交锋的另类。而他率领的第35试验小队又被称为“杂鱼小队”，顾名思义是由一群劣等生拼凑而成的团队。某一天，拥有“魔女猎人”资格的超精英持枪高手凤樱花，竟然加入了这支队伍。在带领队员动身执行回收魔导遗产的任务中，一场学园动作奇幻大作就此开始。
这是一段注定是充满悲伤的半人半妖与人类相爱的故事。6岁的少女竹川萤，在暑假回到乡下爷爷家的路上，于住满山神、妖怪的“山神之森”迷了路。这时，一名戴着面具的少年阿金（一开始翻译是阿金后来改作阿银），答应把萤带出森林。阿金是一位半人半妖的少年，若他一触碰到人类便会消失，所以萤不能触碰到阿金。之后，在每一年的夏天，萤都会回到乡下，希望与阿金重聚，年复一年，变得亭亭玉立的萤与阿银之间也产生了相恋的感觉，可是他们连相互触碰也做不到。后来阿金答应带着萤去参加妖怪的祭典，两个人的手用绑着白布，就想在约会一样。最后祭奠结束的时阿金因碰到人类而即将消失，但是阿金却笑着对萤说：“来吧！萤！我终于可以碰你了！”两人紧紧的拥抱在一起，虽然只是一瞬间，但对他们来说是永恒的。阿金最终化为点点荧光，消失在夜空中。
故事的主角里见孝太郎，在高中入学前因为父亲调职而开始一个人生活。孝太郎租下了房租每月五千日币，免押金、礼金，价格特别便宜的屋龄25年公寓，可乐娜庄的106号房，决定住进这间只有三（六榻榻米）大的房间开始新生活。但106号房却是间因为闹鬼，从来没人能久租的房间。 开学典礼当晚，谣传中的幽灵――东本愿早苗出现在孝太郎面前。早苗主张是她先开始住在106号房，在双亲回来之前必须一直等在这里，而想把孝太郎赶出房间。两人争了一个晚上没有结果而暂时休战，没想到隔天自称魔法少女的虹野由莉佳破窗而入，再过一天又出现号称古代文明末裔的地底人少女――仓野奇莉华，接着是外星人――神圣佛德赛银河皇国第七王女提亚蜜思林·葛雷·佛德赛，每个人都各怀鬼胎，想将106号房占为己有，让房间陷入一片混乱……
恶魔幸存者2全集故事讲述某个星期天的突发事件，神秘的侵略者袭击了日本全领。这些侵略者每天都会展开一次袭击，每次袭击都会令人们陷入恐怖和绝望的境地。在这么一个极限状态下，出现了13名“恶魔召唤者”，他们和恶魔展开契约，获得了与神秘侵略者对抗的力量。而他们所剩的时间只有7天。
故事从男主角音无从“死后的世界”醒来开始，认识了一个叫仲村由理的女孩。原来，由理在“死后的世界”率领着一个名为“死后世界战线”，简称“SSS”的组织。“SSS”成立的主要目的是反抗赐予他们生前悲哀命运的神以及神之使者——天使，在天使超乎常理的异能面前，“SSS”只能用枪来反抗。