故事发生在私立山星高校中，拥有如同春风一样温暖人心笑容的永濑伊织、外表腹黑毒舌，实际上内心十分细腻脆弱的稻叶姬子、各方面都只能被称为在普通水准的八重樫太一、武功高强却患有男性恐惧症的桐山唯、作风轻浮但其实非常专一的青木义文，这五名文化研究部的部员们像往常一样过着平静的一天，但他们不知道的是，不久之后，他们的命运即将因为某件事情被发生颠覆。
人格转换就这样毫无预兆的发生了，这种只有科幻小说里才会发生的桥段让部员们感到不知所措。然而，震惊之后，兴奋感随之而来，能够利用别人的身体体验这世界的机会不可多得。但随着人格转换的发生，部员们内心深处藏匿着的隐秘感情和伤感过往也无法再继续隐藏，他们能够乐观的面对这些或是伤感或是残酷的真相吗？
继人气玩具设计师鹭月子在回家途中被袭击之后，小学生牛山尚吾、家庭教师蝶野晴美、警官蛭川也被同一个少年用金色球棒击倒。“球棒少年”戴着遮住眼睛的棒球帽，手持金色球棒，脚上穿着金色的旱冰鞋。接手这个案件的猪狩警官发现，先后受袭的几个人之间，有着丝丝缕缕的相互联系，而他们中的每一个，在被袭击之前都正在承受巨大的心理压力……
故事讲述的是在近未来的某个时间，人们已经不生存在自然世界中，而是生活在Romdo（穹顶）里；人类不需要感情的存在，只要遵守秩序，就能成为良好市民，维持生命。故事从移民Vincent来到穹顶开始，他的监护人Re-I是个美丽的警局工作人员，同时也是穹顶最高执政者的孙女。Vincent到来后不久，穹顶就发生了多起杀人事件，并有许多autoreiv被感染（autoreive为智能型机器人，有工作型、伴侣型、宠物型等等，所谓的感染即是被cogito侵蚀，简单来说就是产生了自我意识和情感），Re-I着手调查此事，新上任的警备局局长Raul也带着他的autoreiv出动。在此期间，Vincent的autoreiv感染死亡，并出现巨大的怪物追击他；Re-I在自己家中被怪物袭击，惊吓过度被送进医院。灰暗的画面，琐碎的情节，支离地构筑起Romdo的管理执法体系以及错综的人物关系；直到Vincent被当作违法者，而他又误会Re-I出卖了自己，心灰意冷之下，明白自己无法成为良好市民的他逃离了Romdo——用在旁人看来是自杀一样的方法。之后，故事出现了转机，令人惊讶的发现原来世界上并不只有Romdo的存在。
这里是海上交通要塞珠津岛，有着樱花观赏名所珠津山和号称永不枯竭的池塘千年泉。主人公支仓孝平转学来到珠津岛6年制全寄宿英国贵族学校“修智馆学院”，然而这里却有着吸血鬼……
机巧魔术，那是人形使们用来操纵内藏着魔术回路的自动人形而用的魔术，拥有这种技术的最高学府是英国的沃普尔吉斯王立机巧学院，目前正举行着决定人形使之顶点“魔王”，通称为“夜会”的战斗。
如今有两个人影正走过它的大门，来自日本的留学生赤羽雷真与他的伙伴的少女型人形的夜夜，为了得到“夜会”的参加资格，雷真决定直接用决斗的方式从参加预定者那里夺取资格。
目标是次期魔王有力候补，外号是暴龙的美少女夏洛特，但是没想到在决斗途中竟然发生意想不到的插曲……
新学期刚开始，高中生·坂井悠二一如往常过着“日常生活”。然而有一天，他冷不防遭遇”红世之王”手下的侵袭。受到一名能够把人的存在化为灵火，并吸取灵火的神秘男子法利亚格尼的攻击。悠二的“日常”生活因此整个脱节，然而就在同一时间，一名少女出现在他面前。
少女为了保护悠二不被法利亚格尼袭击，开始与悠二一同生活。悠二满怀感激向少女道谢，不料少女却如此低喃：“你已经不存在了。”
就读于拥有悠久庄严历史的圣玛格丽特学园的留学的东方少年久城一弥，某天在学园图书馆塔上方、绿意盎然的温室内与一位身著华丽服装、犹如洋娃娃般美丽的少女——维多利加相遇。维多利加拥有如侦探一般聪明的头脑和敏锐的洞察力，只要在她所到之处，再怎么离奇的谜团都会被解开。之后维多利加与久城一弥遭遇了种种怪异离奇事件并揭开了维多利加的身世之谜。
一个为撰写《百物语》而游历诸国的隐居者，在一个雨夜因为自己的迟钝邂逅了一个神秘的 “三人组”：擅长骗术的御行师——又市先生；擅长操纵玩偶的傀儡师——阿银小姐；擅长鸟寄的模仿师——长耳先生。至此，卷入了一系列诡异的事件之中，这些事件成就了他的《百物语》的素材。“三人组”从开始到最后都一直充满着神秘感，经常不经意的出现又突然消失，但是他们出现的地方都是伴随着诡异的流言，他们似乎是生活在黑暗世界的人，很有可能是阴间（后期百介在一份资料中查得长耳如果活着的话应该200岁了）。还有那间或出现的京极亭，似乎控制着“三人组”，还有黑庵、白庵这两个欧巴桑，处处都透着神秘。
百介随着“三人组”见识了种种诡异事件，这里面的鬼怪并不像人们平常所想象的那种，他们都是那些平常生活在我们身边的人变的。人性有着黑暗的一面，当你因为某种事而舍弃自己的人性，逃避起来，那扭曲的人心使你开始变成了所谓的“鬼”，一次又一次地犯下罪行，而不自知。带有悬遗的剧情、弥漫着的恐怖的氛围、四处飞溅的鲜血、各种贪婪变态的行为处处给你以心灵的震撼，“三人组”以他们特有的手段将那些隐藏在暗处的罪恶曝露在人前，再对他们用符进行“御行为奉”。伴随着寂静的铃声，又市缓缓道出：“踏上正道便能功成名遂，步入歧途就会堕入深渊，毕竟不过是梦境和虚幻，邪念和野心在黑暗中消失，留在世间的只有诡异流言。”
1999年，长野县长野市松代的皆神山坐落着一座私立学院。这座学院因为接二连三发生奇怪现象，被周围的人称作“超自然学院”。这座学院的校长和学生都夜以继日的研究这些奇怪现象。校长去世后，非常讨厌“超自然”的校长的女儿神代玛雅接替了他的位置，她遇见了从2012年穿越来的内田文明。这之后，他们二人不断遭遇学院内的奇怪现象，最后终于得知了内田文明回到1999年的理由。
平凡的世界，不平凡的人物，交织出不可思议的故事情节。
题材新颖、写作风格精致见长的脚本家伊藤和典；配上擅长表现人物内心情感的监督望月智充，由这组合所策划出的原创动画”绝对少年”。
“从现实认知到的东西，不单单是这世界的全部。”
将由于不了解真正的自己，而陷入彷徨的少男少女其内心的成长，温和的展现出来；从无法肯定存在的”迷离”进而到对自身认同的”绝对”，这便是绝对少年的世界。
你，也想来一同探索吗？
故事分为前后两部份，由「田菜编」和「横滨编」构成。两部分有各自不同的舞台。
田菜编(1～12集）发生夏天的乡下城市
横滨编(13～26集）是前半部分发生的二年后的都市的冬天。
在这个地方，步遇到的每个人都非常与众不同：和自己同年的少女深山美纪，以及她那能和布娃娃对话的妹妹美玖，素行不良却十分重视义理的亮介，优等生模样却猜不透内心的拓马，到后来甚至连”光之妖精”－わっくん都出现在他眼前，形形色色的人事物都让本以为生活毫无意义的步，由脱离到常识范围之外，进而慢慢慢慢意识到这个世界其实是充满著多样性及能肯定自己存在的事物。