某个大陆的、某个时代。
大陆南北分割的战争结束了，世界逐渐走向了和平。
在战争中、作为军人而战斗的薇尔莉特·伊芙加登离开了军队，来到了大港口城市。怀抱着战场上一个对她而言比谁都重要的人告诉了她“某个话语”――。
街道上人群踊跃，有轨电车在排列着煤气灯的马路上穿梭着。薇尔莉特在街道上找到了“代写书信”的工作。那是根据委托人的想法来组织出相应语言的工作。
她直面着委托人、触碰着委托人内心深处的坦率感情。与此同时，薇尔莉特在记录书信时，也逐渐接近那天少佐基尔伯特对自己讲的那句话的真正含义。
人类愚昧的战争使世界被冰雪覆盖，走向灭亡。曾以兴盛为荣的文明也加速走向荒废，人口骤减十万。在这个连繁星都看不见的世界，已经难以在地上生活的人们组成集落挤在地下生活着。曾经打着「废墟猎人」名号的男人，以过去发生的某件事为契机而改名为「传颂星星之人」，向他所到访的集落传递“繁星的美丽”。因他知识的深度和氛围，不知不觉中，人们开始叫他“星之人”，非常尊敬他。在世界中旅行，渐渐老去的星之人，唯一的牵挂……。星之人在旅行途经的某个集落倒下，并在那里和利未、约伯、路得这三个少年少女相遇。星之人看着他们对星星抱有兴趣的样子，想起了自己年轻时曾经遇见的那个机器人少女。和她相遇的地方，是曾被称为封印都市的地方……
从小便能看见妖怪的少年——夏目贵志。自从他从祖母玲子那里继承了与妖怪成为主从，并将其名字书写在上的契约书“友人帐”以来，便与自称为保镖的妖怪猫咪老师一同，开始了将名字返还给妖怪的每一天。夏目与各种各样的妖怪与善良人们相遇，在构筑温暖的场所同时，也反复寄托着想要
另一个世界，住着一群与常见动植物截然不同的生物。远古以来，人们敬畏地称它们为“虫”。当虫的世界和人的世界重合时，虫师银古便会出现。
这些虫显然不是看上去肉呼呼扭动的小东西，而是一种最接近生命本源，类似灵体的生物。它们有自己的生存方式，而这种方式却可能有悖于人类的常识，甚至危害人类的生存。于是就出现了“虫师”这种职业，他们云游四方，对虫的生命形态，生存方式进行研究，并接受人们的委托，解决可能是由虫引起的怪异事件。银古，正是他们的一员。
在封印的都市中被废弃的天象馆，误入其中的男人所见到的机器人少女，那是被繁星所引导的奇迹的物语。
那是世界大战之后不再降雨的世界。受到细菌武器的影响，而被人们抛弃了的最危险的城市（封印都市）。在某个百货商场的天文馆中，有一个机器人少女。她的名字是“星野梦美”。她是天文馆的解说员，1年之中只有7日运行的损坏的机器人。就这样，少女在这30年间始终相信着会有某个人到访天文馆，一个人在这个没有其他人的世界等待着。然后，在第三十个年头醒来的那天，她的面前出现了一个男人。
“恭喜您！您正正好是250万个客人！”
对突然出现的机器人进行警戒的男人·“废墟猎人”。以自城市回收贵重物资作为生计的他，正为了生存潜入（封印都市），被在都市中徘徊的战斗机械的袭击，而误入了这个天文馆。
“要来观赏一下天象仪吗。无论何时都不会消失的美丽的无尽的星光……。漫天的星星们正在等着大家呢”
在大战的影响之下，连星星都无法再看见的濒临毁灭的这个世界，他究竟在那里看到了什么。一年之中只有7天能够运行的机器人少女，苏醒的那一天正遇上那偶然的到访。
奇迹就这样发生了——。
《那朵花》是一部用直达内心的笔触描写青春期的少男少女在面对恋情、友情、纠葛时，有欢欣笑容也有伤心泪水的青春原创动画片。
从小时候起一直青梅竹马的6人，却在升上高中之后彼此有了距离。不太与人们接触的主角宿海仁太、有点被小太妹熏染的安城鸣子、进入重点高中的松雪集与鹤见知利子、放弃读高中而展开旅行的久川铁道、只有幼年死去的本间芽衣子（灵魂，只有仁太能看见）还是一如从前。有一天，芽衣子对仁太说：“帮我实现一个愿望吧”。仁太虽然有点为难，却还是答应帮助面码实现愿望。以此为契机，为了实现芽衣子的愿望，分散在各处的大家又再次地聚集在一起。
天上下着雪，纯白的雪花，从天空阴沉沉地飘落下来。北国的小镇，七年的离别，遗失的回忆，珍贵的事物，即将到来的春天，奇迹，即将上演。 祐一的双亲因为工作原因调去国外，不愿出国的他被迫借住在亲戚水濑家。时隔七年以后，祐一再度来到这北方的小镇。在这个七年前曾经住过，但失却了所有回忆的小镇上，和五个女孩相遇，相识。然后在春天到来时，一切都将结束，新的开始就会到来。
故事的主题是“希望与传承”，讲述了一个跨越千年的翼人传说。
一位懂“法术”的、以表演人偶为生的青年国崎往人，一天来到一个海边小镇，遇上了神尾观铃。国崎往人和他的祖先们一直都在寻找一位在天空中有翼的女孩子，而在和观铃一路相处之下，发现观铃可能就是他要寻找的女孩子……
在某个小镇，主角冈崎朋也因为家庭的因素成为不良少年，一直与春原阳平为伍，在光坂高校过着潦倒的生活，但希望终有一天能够离开所在的小镇。某一天，他在学校坡道前发现了一个止步不前的女孩，在朋也认识了这个名为“古河渚”的女孩后，他的生活开始有了重大的变化。
第一季为主角和女主角们之间所发生的事件，第二季After story为主角在中学毕业之后，与渚共同生活的日子，其中还穿插了“幻想世界”，《CLANNAD》就是由这三个要素所组成的故事。