现代文明因为一起空前绝后的大灾难而毁灭，但顽强的人类还是存活了下来。只是这一起惊天动地、把人类逼到穷途末路的大灾难还带给了人们一份额外的“礼物”——那就是吸血鬼！他们成为了人类新的威胁，自称为“长生种”，拥有着极长的寿命。人类并没有屈服在他们的淫威之下，而是和吸血鬼展开了旷日持久的战斗。在罗马，有着名为“教廷”的超国家宗教机构，他们为了守护人类而朝各地派遣了执行官。而在其中有一位名叫亚伯·奈特罗德的人，虽然看上去很不可靠，但其实真正的身分是吸食吸血鬼之血的吸血鬼。在和名为艾丝缇的少女相遇之后，人类和吸血鬼赌上存亡的大战发生了极大的变化。
混乱的世界，神和魔鬼就象镜子的两面，他们都相距人类很近，两者却有着天差地别的能力。圣堂的新神甫，看似一幅迷呼的表情，却有着不为人知的一面。只因他是身在神殿却流着恶魔之血的异种新人。一方面他的存在受人累排挤，另一方面圣殿的人为了对抗遍布世界的各种恐怖生物又要借助他的力量，在这种矛盾中故事拉开了序幕……
——少女们的思绪，纯粹，而又强烈。——
升上初中的黑衣麻陶在开学当天，与特别醒目的同班同学–小鸟游优美相遇。天真烂漫的麻陶、成熟像个小大人的优美，个性南辕北辙的两人在相处中建立起深厚的友情。但升上二年级，少女们因分班而分离的心却开始渐行渐远。
此时此刻，在另一个世界中，眼中散发出一缕犹如火炎般蓝光的少女，黑岩射手，正与手持巨大漆黑镰刀的少女，死亡主宰展开一场生死之斗…。
神出鬼没，孤独的杀手兼悬赏对象的宋凉河，以及冷静、沉默的赏金猎人夏特.丹克沃斯，两人在某个惨不忍睹的现场相遇了。从那一天起，凉河变得经常出现在夏特身边，他盯上夏特的目的究竟是……
女高中生·本城游理猛然惊醒时发现自己身处从未见过的楼顶。她迷失的世界，是有着无数用吊桥连接的高楼大厦的“异常空间”。迷茫困惑的人们被神秘的“面具人”毫不留情地杀害。通往地上的阶梯被封锁，想要从这个地狱中活下去，只有杀死面具人或者被面具人杀死这两个选项。游理为了摧毁这个不合理的世界，也为了和同样迷失在这个世界里的兄长再会，她最终的命运为何 ？
故事背景设在明治64年，并由德川庆喜掌握权力的另一个日本。国家靠能量源“龙脉”，形成江户和科学混合的独特发展。但繁华背后，反体制派组织“蛇”正酝酿革命之火。德川政府委任暗组织“鵺”将其驱除。女主角雪村笑羽在幼时被灭门，于是她作为“鵺”的处刑人，为报仇而持续寻找蛇野目。
远离城市中心，被浓郁的自然环境所环绕的村落——雏见泽村。
原本早在过去就要沉入大坝底部的这个村落，如今仍然以同从前别无二致的景色，迎来了转学生——前原圭一。对于以前一直住在都市里的圭一而言，和雏见泽的同伴共度的热闹而平和的生活，本该是永远持续下去的幸福时光。
一年一度举行的村中祭典，绵流。直到这一天到来为止……昭和五十八年，六月。寒蝉鸣泣之时。日常突然宣告结束，无止境的惨剧连锁开始了——!
“我一定会拯救你的。”
打倒了担任“怠惰”的魔女教大罪司教，贝特鲁吉乌斯.罗曼尼康帝后，菜月昴和爱蜜莉雅又再度相遇了。在跨越了痛苦的诀别，终于能够和解的两人身边，新的篇章却又开始了。超乎想像，九死一生的危机，以及冷酷无情的现实向他们袭来。少年将再次起身，面对残酷的命运。
这个别墅里有着秘密——在伫立在悬崖上的大别墅“影宅”里模仿贵族，没有脸的一族“影族”。作为他们的“脸”而侍奉影主的照料者“活人偶”。有一天，“影族”的少女凯特身边出现了一位“活人偶”，开始了“影主”与“人偶”不可思议的日常。
公元2030的世界，改造人、生化人、机器人等等的存在已经非常普及。主人公草稚素子正是人类最高科技的结晶：只有大脑是人脑，其余身体部分皆为机械装置，外表看起来则是一名美貌兼干练的年轻女性。在这个高科技的世界里，人类通过更换身体的各个部件而达到长寿已不是新鲜事，更有许多人的大脑也已经电脑化，从而真正实现所谓的“电子化的存在”(并非“信息化的存在”)。从庞大的社会结构直至单独的个人身体，都可方便的通过网络连接，构成了一个无比复杂的信息网络：这就是本作的世界基础。 虽然人类社会的电脑化带来很多方便，但是无论构造成为身体的材料怎样变化，人类毕竟还是拥有人性，因此各种以电脑为契机的犯罪层出不穷。日本的公安九课是一个高出统治阶层的存在，它的职能就是猎捕一切有关于高级电脑类刑事犯罪者。公安九课所面对的罪犯：有时可能是政府中的高官，有时可能是偷换他人大脑的投机分子，更有可能是身边的同伴；每一次的案件，都是对人类存在的再思考，都可能给队内的每一个队员带来沉重的精神压力。
为了应对吉亚迪所开发出的完全独立无人战斗兵器“军团”的入侵，其邻国圣格诺利亚共和国开发了无人战斗兵器毁灭之力。但是，无人战斗机只是空有名号，实际是没有被认可为”人“的人们——86——驾驶，被当作道具来使用。
由”86“所组成的部队“先锋战队”的队长少年・辛艾，在只能等待着死亡的令人绝望的战场上为了某个目的而战斗着。在那里，共和国军队的精英・蕾娜就任了新任指挥管制官。她小时候有着被86所救助过的经历，因此想把被作为“人形猪”而遭到轻视的他们作为正常人类来对待。
只不过是为了战斗而被作为道具使用的少年以及被寄予了未来期望的精英才女，本不应当有所交集的两人，在激烈的战斗中看到了未来——