教会历526年——。世界上有魔女存在，“魔术”也得到普及。然而，世界还并未知晓“魔法”的存在。在这样的时代里，还有着被人们蔑称为“堕兽人”的半人半兽的佣兵。他就这样每日被魔女觊觎着，还梦想着能成为人类，直到某天在森林中遇到的美丽魔女改变了他的命运。“——想变回人类吗？那么佣兵，成为吾辈的护卫吧！”自称为零的魔女说自己的【零之书】——一本一旦使用不当甚至可能毁灭世界的魔法书不知被谁盗走，现正在寻找这本书的旅途中。佣兵以零使用力量帮助他成为人类为条件，接受了成为自己最讨厌的魔女的护卫的要求。围绕着禁断的魔法书，人们的思绪开始纷乱交错……。
高贵的魔女与温柔的兽人所带来的极上幻想剧。
故事发生在21世纪初叶的日本，此时的年号是“平诚”。虽然锁国政策已经完结，但德川幕府的统治还在继续。在富士山的山脚有一间巨大教育机构·武应学园塾。这里的部分学生对德川家进行反抗，学生会执行部称其为“丰臣狩猎”，并对其进行镇压。本作的主人公、柳生道场的代理师傅·柳生宗朗虽世代为德川效力，但他却对执行部的镇压行动抱有疑问，为此却被学生会命令撤走道场。撤走期限即将来临之际的一天晚上，宗朗与真田幸村后藤又兵卫被学生会直辖部队追杀逃进柳生道场秘密房间后，突然从天花板堕下一名手持双刀的全裸美少女。自称柳生十兵卫三严的少女击退了强袭道场的服部忍者，从此之后，就有众多日本历史上的武将以少女身份出现在宗朗面前。
一个现在还存在着忍者的世界中，现代忍者的雇主，是政治家、大企业的干部们。持有强大权力的人当中，有著一些将忍者当作满足自己欲望的道具的人存在。为了对抗这些在黑暗中的“恶忍”，政府开始执行了某个计划―“善忍”―也就是养成属於国家的忍者的秘密计划。为了养成“善忍”而成立的机构，“内阁特务谍报部一课付特殊机密谍报员养成所”，通称、忍学科。在拥有一千名学生的名门升学学校“国立半藏学院”中，不为人知的内面。为了与邪恶战斗，“善忍”们奉献自己的青春，正在“国立半藏学院”忍学科中就读的五名少女，鼓起勇气与恶忍战斗。五位女忍者性格各异，她们分别是飞鸟、斑鸠、葛城、柳生、云雀。
不动珍是一名年轻的职业模特，自从遇见一位自称为阿斯卡兰的神秘女子后，平静的生活被打乱。原来兰隶属于一个跨政府的组织：人类同盟，珍在兰的实验室内面对怪物时变身为兽人！一系列突如其来的打击令珍几乎崩溃。
世界各国都陆续发现妖兽，其中有不少失去了人性而成为纯粹的野兽，给社会带来危害，但由于各国政府的掩盖，这些事件都不为大众所知；同时兰告诉珍：她的存在是特殊的！因为她是恶魔人：具有惊人力量、邪恶的心、却保留着人类脆弱感情的生物；她的存在就是为了消灭这些妖兽。
那个国家栖息着龙——神话中说，古时的人与龙定下了契约，龙帮助人，人帮助龙……
舞台是“龙之国”。主人公是为国之守护神“龙”清理蛀牙菌的新手牙医——野野子。与邻国的战争日趋激烈，某天她在龙的牙上发现了昏倒的敌国少年兵。少年的名字是贝尔。他在被称作巨大灾难前会出现的不可思议现象中，于巨大的牙齿中复活了。贝尔对自己的处境感到疑惑。为了鼓励他，野野子将他接纳为龙的牙医。被卷入了激烈的战争，两人不久将去接受自己的命运……
就读凤城学园的15岁少女泉水子，自少便在熊野古道的玉仓神社之中长大。泉水子是名颇害羞的少女，而且所有给她触碰到的电子产品也必定损坏。当她想到想离开这熊野古道并往城巿里居住的时候，她的监护人雪政却建议她往东京的鳯城学园就读，并逼他的儿子深行与泉水子同行，以便照顾她。起初，泉水子与深行也互相讨厌大家，但当一件怪异的事件发生在今年以「战国时代」为主题的学园祭上，他们的关系便产生变化。在这事件中，泉水子得知她是姬神的最后一名依代，而深行则是泉水子的山伏守护者。作为姬神的最后一名依代，作为濒临灭绝的姬神依代，泉水子与深行将展开改变世界的事件。
随着未来科技的飞速发展，人类在2301年将一颗蛮荒行星火星改造成为美丽的“水星”，并命名为“AQUA”。那里最著名的观光都市“新威尼斯”有着一群心怀梦想的少女，被称为“领航员”的她们每天以小船载着游客领略城市的美景。15岁的水无灯里从高度电子机械化的地球只身来到“新威尼斯”，在一所名为“ARIA”的小领航员公司找到了工作，就此开始了她的领航员生涯。
天使学校的首席天使来到了地球！……但，住惯了地球的她，开始过起整天逃学打网游的自甘堕落生活。化身为怠惰的废柴天使，简称“废天使”的珈百璃，早就把让全部人类幸福的目标抛到九霄云外，并誓言要充分享受娱乐——。
Hand Shakers——将手牵起，利用从深层心理诞生的武器“宁录”互相战斗的人们。
为了实现自己的“愿望”，从而见到神，将神打破，众多的Hand Shakers以那个顶点为目标，互相竞争。存在于那尽头的事物是——。
——大阪
擅长摆弄机械的高中生·手纲，接受了某个修理委托而来到大学的研究室。他在那里，与一直睡在床上的一位少女·小代理相遇了。如同被什么引导一般触碰到小代理指尖的手纲，听到了从某处倾注而下的声音。
——跨越众多战斗，超越试炼之人。
接受启示之人。企图见到我，挑战我之人。其为“Hand Shaker”——
由于在眼前延伸的异质世界“金字形神塔”而困惑的手纲。刹那间，手纲和小代理遭到了某人的袭击——。
企图见到神的诸多Hand Shakers，阻挡在手纲和小代理的面前。赌上他们各自的“愿望”……。
去守护吧，用这双手。
热爱游戏的家里蹲少年·佐藤和真的人生，因交通事故而轻易闭幕……本该是这样，但当他醒来之时，眼前有一位自称是女神的美少女。“喂，我有点好事要告诉你。要去异世界吗？只带一样你喜欢的东西没问题喔。”“那，我就带着你好了。”由此开始，在异世界转生的和真的魔王讨伐大冒险开始了……虽然是这么想的，但他却为了获得衣食住行而开始劳动。想要平稳度日的和真，却由于女神引起的各种问题，而终于被魔王军盯上了。