私立莉莉安女子学园创立于明治三十四年，原本是为贵族的千金小姐而设，是一所具有深厚传统的天主教女子学园。学园位于东京郊外的武藏野，四面环翠，被诸神守护，是为少女提供幼儿园直通大学的精英教育的乐园。
在莉莉安女学园的高中部，存在着一种叫soeur（法语：姐妹）的系统。像是姐姐带领着妹妹一样，学姐指导着学妹，就算没有严厉的校规，也能传承纯洁正派的学园生活。
学园由相当于普通学校学生会的山百合会管理，其正式的干部成员只有“红蔷薇”“黄蔷薇”“白蔷薇”3位蔷薇大人。蔷薇大人的妹妹们则称为花蕾，作为下届的蔷薇，被大家所认同。
某天清晨，学园的普通一年级生福泽祐巳在向圣母玛利亚的雕像祷告时，被人从后面叫住了。而声音的主人就是红蔷薇的花蕾，莉莉安女学园的明星，小笠原祥子……
小小的领巾促成了命运的邂逅，也拉开了这段美丽少女物语的序幕。
留宿在学校的“学园生活部”的4名成员，气氛制造者的由纪、喜爱铲子（？）的胡桃、带领着大家的悠里、可靠的学妹美纪。在温柔的顾问慈姐的守护之下，她们早上起来拿面包干当早餐，在屋顶的菜园收获小西红柿，追着从房间里逃出来的小狗“太郎丸”跑遍整个学校……虽然有时也会发生些不得了的事情，但大家一起生活的每一天仍然满溢着在那之上的快乐。她们的“学园生活部”今天也元气满满地活动中！
然而，在这份看似幸福的日常中却隐藏着……
某天于地球上空出现许多孢子，其中诞生的幼虫侵入身体后，以寄生脑部为目标，寄生完成后与脑部细胞同化，管理这个“死掉的身体”。它们能任意变形，其食物便是与寄生体相同的物种。由于寄生生物的出现，到处频传残忍的杀人事件，但人类却淡漠地忽视这种仍属少数的案件，而寄生生物逐渐了解人类世界，学会开始计划组织并利用政治的力量，使世界陷入恐慌中。男主角泉新一就是被寄生生物寄生的人类之一，但是由于某种意外，寄生在他体内的生物并没有吃掉他的大脑，而只是取代了他的右手。本性善良正直的泉新一没有被这突如其来的残酷命运击倒，为了被寄生生物杀死的亲友以及所有人类的未来，他决心与其他完全体寄生兽进行殊死搏斗。
近未来的警世预言！
为了防止地球暖化，日本政府决定将东京完全森林化，
但是，那里绝非理想国香格里拉！
21世纪中叶，由于地球暖化造成环境危机，联合国决定强制向各国征收「碳排放税」，以期降低碳排放量。但是日本关东地区发生史无前例的强烈地震，市区完全崩毁，加上日本政府缴不出碳税，因此决定放弃东京，使其成为全世界最大的「森林区」，藉以吸收二氧化碳，减少碳税支出。
同时，日本政府也向东京一千万居民承诺，将于东京上空透过人造建地，打造一个名为「亚特拉斯」的新市区，在空中重建东京及政府组织。在亚特拉斯建造期间，东京的土地逐步被广大的造林地取代，许多住民被迫流离失所，由于暖化在森林区中繁衍开来的热带植物，也引发了早已绝迹的多种热带传染疾病，加上气候的异常，东京市区不断降下暴雨，每每造成大范围的淹水。昔日繁盛热闹的东京市区，俨然成为一座灰暗的死城。
然而，兴建完成的新市区亚特拉斯实际上只能容纳三百五十万人，多数人民无法移居进去，只能在宛如人间炼狱的地面上不断苟延残喘。难民不满的情绪逐渐高昂，激进派反政府组织——「金属世纪」应势崛起，采取激烈的手段，誓言与万恶的日本政府抗争到底。
金属世纪的新一代领袖北条国子是一名18岁女高中生，拥有过人的敏锐直觉，肩负引领「金属世纪」人民的重责大任。因为自己的直觉，她时常能在自己心中听到一个说话声，她试图掌握话声来源，意外发现竟是来自亚特拉斯。国子的内心深信不疑──亚特拉斯正在呼唤她……
故事以三名亚特拉斯候选继承人为主轴展开：
太阳──反抗军「金属世纪」领袖北条国子
大地──日本政府军陆军少尉草薙国仁
月亮──超能力古典美少女美邦
一个寒冷雪夜，幼小的黑主优姬意外遇上一名吸血鬼。在这个吸血鬼向优姬露出獠牙的生死时刻，一个名叫玖兰枢的纯血种吸血鬼救了她，并将她带到黑主学园请求理事长（黑主灰阎）收留。黑主学园除了一般学生就读的日间部外，还有为了吸血鬼与人类能够和谐相处的，由理事长与玖兰枢合作创办的夜间部。在夜间部就读的学生都是十分俊美优秀的人物，不过这里却隐藏着不为日间部学生所知的秘密－－夜间部的学生全都是吸血鬼。
十年后，为了维持学院安宁，优姬和同样被院长收留的锥生零一起担任学园的“风纪委员”，守护着这个秘密。而最受人尊敬的，也是优姬非常倾慕的玖兰枢，更是被称为“吸血鬼中的吸血鬼”的纯血种吸血鬼一族中玖兰家族的始祖，是站在吸血鬼金字塔端的最高种族之一。如果被纯血种咬过，就会变为LEVELD（曾经是人的吸血鬼，在经过一段时间就会因为无法承受吸血鬼的力量堕落为LEVELE）。而锥生零作为吸血鬼猎人，却在一次家难中不幸被纯血种的绯樱闲咬伤。绯樱闲杀死了零的家人，带走了他的弟弟锥生一缕，零非常憎恨吸血鬼（特别是纯血种）。优姬为抑制零的继续堕落，多次让他吸自己的血。
被称为地狱门的不可侵领域突然出现在东京。 真正的星空消失，取而代之的是虚假的星星。世界各地开始出现被称为“契约者”的超能力者。这些本是普通人类的能力者丧失冲动的情感，只遵循“合理性”而行动。围绕“门”的谜团，各国势力和契约者们展开了殊死的利益争夺。
主人公是一名普通的日本少年，他在来美国洛杉矶的初中毕业旅游期间无意中卷入了一起黑社会的暗杀事件。幸运的是，由于被发现拥有杀手的天赋，他没有被杀人灭口，而是被消去记忆，并由组织中最强的少女杀手Ein训练成为了超乎常人的杀人机器Zwei。
被养父母盯上性命，每天都孤独生活着的美甘家大小姐千津子与世纪怪盗二十面相相遇，开始踏向了未知和冒险世界的旅途。
初次接触到自由的空气，包围在新同伴之间并找到了自己所应在之处的千子，慢慢开始有了改变。
围绕着“二十面相的遗产”这个巨大的谜团，引起了无数奇怪的事件。即便如此，千子还是决定要继续前行，等待在她之前的将是何种的命运……
东京大地震十个年头以来，以东京复兴为目的建造的观光与刑务结合，日本唯一的完全民营化刑务所—亡灵幻境。长野县立亡灵幻境4高中初二的学生五十岚丸太在10年之前经历了东京大地震，但是由于年纪小的缘故，对地震前的事情记得不是那么清楚。现今的他过着如此平凡的每一天。这本该是他一直生活的地方。直到一个红色男人的出现，漂浮在空中的这个男人将五十岚丸太所在班级的学生全部杀光，只剩下丸太一人……
舞台设定在了未来钢铁构架高楼林立的纽约曼哈顿，深夜五名看上去并无瓜葛的少女分别躺在黑色豪华轿车中被护送回家。途中，其中一辆受到袭击，少女被不明人物劫走……第二天，余下的四名少女都发现自己的身体产生了奇妙的不协调感，而且自己无法回忆起前一天晚上所发生的事情。到了学校以后，正在困惑的少女们被老师告知了惊人的消息，她的同学，也就是被不明人物劫走的那一名少女―莉兹，在郊外被发现以已经连续发生过五次的神秘自杀事件的样子死去了。仍然沉浸在悲伤与困惑的少女，不约而同地被只有她们才可以看到的蝴蝶带领到了夜晚的仓库街，正当她们为彼此的出现感到惊讶时，从阴影中走出了身穿黑色西装，自称是少女们“教官”的女性，那名女性对她们说出了如同谎言一样的话语：“你们，已经死了。”