松前绪花，一个一直想要变得和“现在的自己”不一样的16岁的普通女高中生。
这一天，突然的离家出走，心上人突然的告白，然后确又是突然的分离，一直以来那个想要变成不同的自己的梦，忽然就这样成了真，松前绪花不平凡生活却在一天之内居然迎来了电视连续剧般的惊人展开。
她告别了自己的母亲，告别了她生活的这个熟悉却没什么感情的城市，来到未曾谋面的外婆家的温泉旅馆“喜翠庄”工作及居住。
在这个充满了大正浪漫风味的温泉旅馆里，绪花遇见了鹤来民子、押水菜子及和仓结名等年龄相仿的女孩及各种不同的人、以及工作上的前辈们，她认识到从未认识的新世界，如同花芽冲破地面进入了一个新的世界一般，开始了与过去完全不同的新的生活。
但是，其中的工作与生活有哭有笑，可能也有非常难受的时候。但是，不管发生了什么，明天依旧会到来。
所以绪花决定要努力，要尽全力的发光，如同一株在太阳的引导下绽放的花朵般，置身在在这各式各样人物的环境中积累经验成长下去。
一次突发事故，二角人（人类的变异，拥有比人类更高级的能力）露西杀死警卫，逃出了研究所，并丧失了记忆，后被浩太和其表妹由香所收养。同时，研究所方面害怕露西的能力会危害人类的安全，先后派出特种部队和其他的二角人进行抓捕，一场抓捕与反抓捕的“游戏”由此展开，同时露西和浩太之间的关系也渐露端倪……
在都市的青少年中，有着这样一个传言：只要在深夜零时登录“地狱通信”，将所怨恨人的名字写下来
地狱少女 官网，且你的怨恨达到了可以委托的程度，地狱少女就会出现，立即把你怨恨的人带入地狱。然而让人意想不到的是，这个传言是真的。写给地狱通信的信件都会传达给一名叫做阎魔爱的少女，当她与信件中的怨恨产生共鸣，就会变身成为地狱少女，发放自己随从变成的稻草人，并说明契约方式和后果：只要解开稻草人上的红线，契约就会成立，地狱少女会将对方的所怨恨者的罪恶重现并流放到地狱。但是，当你在解除怨恨后，自己亦要付出代价。对方决定把受诅人流放到地狱，自己在死后也要面对同一命运，不能去往乐土，只能徘徊于地狱。至于是否要解开红线，完全是委托人的决定。
“害人终害己。解开绳子的话，你自己的灵魂也会坠入地狱。不能去极乐世界，你的灵魂将饱受痛苦。不过那也是死了以后的事情了。
经历了两年昏睡才清醒过来的少女—两仪式，以失去记忆为代价，得到可以看到一切事物之死的“直死之魔眼”。持有这种可以将一切事物杀伐的力量的两仪式，再次被卷进了这个昏黄的世界。
两年前的杀人鬼、漂浮著幽灵群的大厦、可以将看到的物体歪曲的少女、搜集著人类的死的螺旋建筑。当接踵而至的怪异事件与式的魔眼冲突时候，那已经忘却的记忆渐渐复苏。