战后一段时期内的东京，美少女分尸杀人事件引起世间的骚乱。这其中，引退的前女优柚木阳子的妹妹也行踪不明。与此同时，出现了祭祀匣的奇异的灵力者，接著巨大的匣型建筑物的存在开始浮显於世，围绕著匣所发生了许多奇怪的事件……於是，侦探榎木津礼二郎、作家关口巽、刑事木场修太郎等与事件相关的人物都聚集在了京极堂的身边。
原电影女演员美波娟子的妹妹加菜子，不知道被谁给带走了。当时正好社会上发生了种种事件，如在东京八王子发生的连续杀人碎尸案，“御筥样”祭祀时宗教奇妙的传言，和箱型建筑物之间存在的联系……驱魔的京极堂、小说家关口、刑警木场、侦探榎木津，开始追踪事件真相！
一天主人公因为在山间迷路，穿过地道而进入了一个现代文明无法触及的小村庄。数百年前，在外来文明尚未到达的这里，一场流行着的不知其名疫病夺走许多年轻男人的生命，让这所村庄濒临灭亡。从那以后，疫神是年轻人的灵魂里的恐惧。为了不再让疫神夺走年轻人的灵魂，让村庄免于男人灭绝的命运，村人向神明祈求希望能让村庄的子嗣延续，之后在神的指引下，村里的男孩为了躲避瘟疫都以女子的着装和习惯来养育。不能让男孩见女子是最基本的生活习惯。于是到了现代这里依然继承着这个习俗。在数百年间村里的男孩早已穿惯了女生的装束，甚至习惯了女生的举止，连心里也都是女孩子，喝了村中的灵泉后有了女性的生殖能力，淡忘了怎么成为男性这件事。
故事发生在私立山星高校中，拥有如同春风一样温暖人心笑容的永濑伊织、外表腹黑毒舌，实际上内心十分细腻脆弱的稻叶姬子、各方面都只能被称为在普通水准的八重樫太一、武功高强却患有男性恐惧症的桐山唯、作风轻浮但其实非常专一的青木义文，这五名文化研究部的部员们像往常一样过着平静的一天，但他们不知道的是，不久之后，他们的命运即将因为某件事情被发生颠覆。
人格转换就这样毫无预兆的发生了，这种只有科幻小说里才会发生的桥段让部员们感到不知所措。然而，震惊之后，兴奋感随之而来，能够利用别人的身体体验这世界的机会不可多得。但随着人格转换的发生，部员们内心深处藏匿着的隐秘感情和伤感过往也无法再继续隐藏，他们能够乐观的面对这些或是伤感或是残酷的真相吗？
继人气玩具设计师鹭月子在回家途中被袭击之后，小学生牛山尚吾、家庭教师蝶野晴美、警官蛭川也被同一个少年用金色球棒击倒。“球棒少年”戴着遮住眼睛的棒球帽，手持金色球棒，脚上穿着金色的旱冰鞋。接手这个案件的猪狩警官发现，先后受袭的几个人之间，有着丝丝缕缕的相互联系，而他们中的每一个，在被袭击之前都正在承受巨大的心理压力……
公元2061年。所谓的全球变暖早已成为历史，而这时的世界已经被冰河期初期的环境所笼罩。住在意大利图斯卡纳的伽利略后代三姐妹——叶月、神月、星月，突然遭到谜之组织的袭击，之后更是变成了国际通缉犯。谜之组织的目的是“伽利略的遗产”，而对此一无所知的三姐妹，必须携起手来，共度难关。然而问题是，这三位姐妹性格差异过大，想让她们齐心协力，难度实在有点大。
所谓的遗产与组织的真相究竟是？三姐妹的命运又会如何？
三人三样的少女们，即将展开战斗系动作冒险剧。
故事讲述的是在近未来的某个时间，人们已经不生存在自然世界中，而是生活在Romdo（穹顶）里；人类不需要感情的存在，只要遵守秩序，就能成为良好市民，维持生命。故事从移民Vincent来到穹顶开始，他的监护人Re-I是个美丽的警局工作人员，同时也是穹顶最高执政者的孙女。Vincent到来后不久，穹顶就发生了多起杀人事件，并有许多autoreiv被感染（autoreive为智能型机器人，有工作型、伴侣型、宠物型等等，所谓的感染即是被cogito侵蚀，简单来说就是产生了自我意识和情感），Re-I着手调查此事，新上任的警备局局长Raul也带着他的autoreiv出动。在此期间，Vincent的autoreiv感染死亡，并出现巨大的怪物追击他；Re-I在自己家中被怪物袭击，惊吓过度被送进医院。灰暗的画面，琐碎的情节，支离地构筑起Romdo的管理执法体系以及错综的人物关系；直到Vincent被当作违法者，而他又误会Re-I出卖了自己，心灰意冷之下，明白自己无法成为良好市民的他逃离了Romdo——用在旁人看来是自杀一样的方法。之后，故事出现了转机，令人惊讶的发现原来世界上并不只有Romdo的存在。
2039年、人类由暖化伴随的海面急剧上升、在陆上失去了庞大版图。
犹如与其呼应、云缠雾绕的谜之军舰群“雾之舰队”出现在世界各地的海洋、以搭载之超兵器开始攻击人类船舰。
人类投入持盈履满的战力、面临最终决战”大海战”、反在”雾”的压倒性武力前脆弱地落败。
全海域、搬运途径都遭”雾之舰队”封锁、政治经济於是崩坏、人类走回疲弊一路───────
自”大海战”後七年。
士官候补生・千早群像面前浮现了”雾之舰队”的潜水舰”I-401″。
该是敌人的”I-401、会对与其MENTAL MODEL”IONA”相逢之群像、以及人类带来什麼呢？
这里是海上交通要塞珠津岛，有着樱花观赏名所珠津山和号称永不枯竭的池塘千年泉。主人公支仓孝平转学来到珠津岛6年制全寄宿英国贵族学校“修智馆学院”，然而这里却有着吸血鬼……
新学年开始，高中一年级新生平泽唯在误将“轻音乐”当做了“轻便、简易的音乐”，而由于自己小时候玩响板得到老师表扬，于是萌发申请入部的想法。
另一方面，樱丘高中“轻音部”因原来的部员全部毕业离校，此时轻音部新成员只有秋山澪和田井中律两人，无法满足部员至少四人的最低人数要求即将废部，这下该如何是好呢？
此外，温柔可爱的千金小姐琴吹䌷被律强拉进入轻音部。
于是，这四名高一女生机缘巧合聚在了一起，便有了吉他手平泽唯、贝司手秋山澪、鼓手田井中律以及键盘手琴吹䌷，轻音部的故事也由此展开。
机巧魔术，那是人形使们用来操纵内藏着魔术回路的自动人形而用的魔术，拥有这种技术的最高学府是英国的沃普尔吉斯王立机巧学院，目前正举行着决定人形使之顶点“魔王”，通称为“夜会”的战斗。
如今有两个人影正走过它的大门，来自日本的留学生赤羽雷真与他的伙伴的少女型人形的夜夜，为了得到“夜会”的参加资格，雷真决定直接用决斗的方式从参加预定者那里夺取资格。
目标是次期魔王有力候补，外号是暴龙的美少女夏洛特，但是没想到在决斗途中竟然发生意想不到的插曲……