另一个世界，住着一群与常见动植物截然不同的生物。远古以来，人们敬畏地称它们为“虫”。当虫的世界和人的世界重合时，虫师银古便会出现。
这些虫显然不是看上去肉呼呼扭动的小东西，而是一种最接近生命本源，类似灵体的生物。它们有自己的生存方式，而这种方式却可能有悖于人类的常识，甚至危害人类的生存。于是就出现了“虫师”这种职业，他们云游四方，对虫的生命形态，生存方式进行研究，并接受人们的委托，解决可能是由虫引起的怪异事件。银古，正是他们的一员。
在封印的都市中被废弃的天象馆，误入其中的男人所见到的机器人少女，那是被繁星所引导的奇迹的物语。
那是世界大战之后不再降雨的世界。受到细菌武器的影响，而被人们抛弃了的最危险的城市（封印都市）。在某个百货商场的天文馆中，有一个机器人少女。她的名字是“星野梦美”。她是天文馆的解说员，1年之中只有7日运行的损坏的机器人。就这样，少女在这30年间始终相信着会有某个人到访天文馆，一个人在这个没有其他人的世界等待着。然后，在第三十个年头醒来的那天，她的面前出现了一个男人。
“恭喜您！您正正好是250万个客人！”
对突然出现的机器人进行警戒的男人·“废墟猎人”。以自城市回收贵重物资作为生计的他，正为了生存潜入（封印都市），被在都市中徘徊的战斗机械的袭击，而误入了这个天文馆。
“要来观赏一下天象仪吗。无论何时都不会消失的美丽的无尽的星光……。漫天的星星们正在等着大家呢”
在大战的影响之下，连星星都无法再看见的濒临毁灭的这个世界，他究竟在那里看到了什么。一年之中只有7天能够运行的机器人少女，苏醒的那一天正遇上那偶然的到访。
奇迹就这样发生了——。
以前的人们生活在海中的世界，能够在大海中呼吸并且生活。然而不久之后憧憬陆地的人们抛弃了大海，舍弃了海神所赐予的羽衣。人类逐渐分成在海中生活的人类以及在陆上生活的人类，原本同样相互交流的人们，随着时间流逝，想法也不相同了。
在海中生活的四名少年少女——先岛光、向井户爱花、比良平千咲、伊佐木要。他们因海村汐鹿生的波路中学被废校而转学到陆地上—鸳大师的美滨中学，并在那里遇到了在陆地上出生的少年——木原纺，他们由此相会、交流。
故事讲述了将月球炸掉了七成并扬言要炸掉地球的“杀老师”，赴任椚丘中学3年E班的教师。而以日本为首的各国首脑在得知这一消息后决定将暗杀他的重任交付给3年E班的学生们，寄望他们能在一年之内把老师除掉，成功得手后的报酬为一百亿日元。于是，各路同学想尽办法在不让别人知晓的情况下进行暗杀老师的计划，这场教师与学生之间非日常的授业大戏随即拉开了帷幕……
故事围绕着两位表面上看来没有共同点也互不了解对方存在的年轻女性展开。玛德拉丝是在陷入内战的卡萨索尼卡王国里一位对自己过去没有印象的传奇的雇佣兵和暗杀特务。另一位女主角是玛格丽特・巴顿，她是宁静的欧洲国家那芙列斯一个富裕贵族家庭的唯一继承人。在故事开篇的12年前，玛格丽特和她的母亲乘坐的飞机在卡萨索尼卡坠毁。那次事件之后，飞机上的乘客以及担任救援人员指挥工作的玛格丽特的父亲一直行踪不明。但是，玛格丽特独自一人回到了那芙列斯，可是已失去了记忆，她唯一能回想起的只有“玛德拉丝”这一个词，然而这条线索将两位少女联系在了一起。自从强大的犯罪集团安纺的神秘的幕后主使人显示出对她们两人的兴趣，她们开始对安纺展开独立的调查。
故事剧情描述的是一个有关“第二次冲击”的记事，公元2000年有颗巨大的陨石坠落在南极冰山附近，高温造成部分冰块溶化，连带使得全球水位上涨，接下来的天灾人祸更是连绵不断，公元2015年又出现了新的入侵者，一种似人的巨大机械战斗群，人们将之称为”使徒”，大概是影射他们是上帝派来的使者，要来消灭作恶多端的人类吧。人类此刻的各种军事武器对使徒可说是毫无用处，为此,当时地球的政治中心决定重用NERV这个组织，他们以最精密的技术，花费巨资研究出一种以驾驶员的神经直接控制的”泛用人形决战兵器”，这种高科技产物将驾驶员与机器做了精细的契合，籍由意志及身体的反映来控制EVA。不过由于当时这些技术还在研发阶段，所以有许多障碍还无法立即克服。而且因为并不是每个人都能自由的驾驶EVA。驾驶人选一直是NERV最头疼的地方，除了符合条件的人难觅，而且还必须经过几个月训练才能和EVA达到同步活动的基本能力。而后，在世界上发现了3名可以驾驶EVA的少男少女，人们把希望都寄托在了他们身上
故事发生在私立山星高校中，拥有如同春风一样温暖人心笑容的永濑伊织、外表腹黑毒舌，实际上内心十分细腻脆弱的稻叶姬子、各方面都只能被称为在普通水准的八重樫太一、武功高强却患有男性恐惧症的桐山唯、作风轻浮但其实非常专一的青木义文，这五名文化研究部的部员们像往常一样过着平静的一天，但他们不知道的是，不久之后，他们的命运即将因为某件事情被发生颠覆。
人格转换就这样毫无预兆的发生了，这种只有科幻小说里才会发生的桥段让部员们感到不知所措。然而，震惊之后，兴奋感随之而来，能够利用别人的身体体验这世界的机会不可多得。但随着人格转换的发生，部员们内心深处藏匿着的隐秘感情和伤感过往也无法再继续隐藏，他们能够乐观的面对这些或是伤感或是残酷的真相吗？
生存在现实世界的人们，总是不得不面对各种各样不合理的事。各自的人生经历、朋友关系、家人，以及对未来的恐慌。当某一个人最终的结局——“死亡”来临之时，已死去或者依然活着的人，是否已经了无遗憾？
“如果，能够将死去的人最后的遗言传递给活人……”流传在都市角落里的传说，正是跟一个总是将死者最后的遗言传递给生者的少女有关。这种由已经死去的人，寄给依然活着的人的信，被称为“死后文”，负责传递这种奇妙信件的少女，就是来自于死后世界的邮递员文伽。
死后文里记载的，是死去的人从人世间所带走的最后情感。有怨恨，有思念，有悲伤，有喜悦…文伽见证着死者与生者的种种羁绊，并看透了世间的人情百态。甚至于众多难以想象的诡计与阴谋，也都在死后文里揭露出了原本的面目。
对于用鲜血和虚伪所掩盖的真实来说，死亡，绝不是人类最后的终点……
作品讲述了在即将面临废部的弱小吹奏乐部，以吹奏乐的甲子园“普门馆”为目标的一对青梅竹马·穗村千夏和上条春太的故事。他们在努力练习以及募集新入部员当中度过着热闹的每一天，但各种谜团也接踵而至……
天生拥有一头如红苹果般美丽发色的少女，白雪，拒绝成为恶名昭彰的拉冀王子的爱妾，困扰的她剪下她那一撮红发后离家出走，在逃跑到邻国克拉利涅斯的森林时，在那里的木屋遇到了刚偷偷出城玩克拉利涅斯王国的第二王子千，以及他的随从光秀和木木。而后在与千成了朋友并知道了他的真实身分后，自己决定在克拉利涅斯王国留下来，并决心以自己的力量来成为千的助力……