主角春日野悠和他的双胞胎妹妹穹在父母死于事故之后，来到了位于名叫奥木染的小村的祖父的家中，在那里开始新的生活。一边和不习惯的家务事奋战，一边还要照顾平时足不出户、什么事情都不会的妹妹穹，悠的生活变得异常艰辛。
在与昔日到访奥木染时认识的天女目瑛和依媛奈绪重遇、认识了新的朋友、和以前一样几乎没有变的城镇和人们。这令人怀念的回忆和温馨的环境，治愈着悠心中的伤痕。在这样的过程中，慢慢地发生了一些变化。儿时定下的只属于两个人的秘密约定以及所失去的重要东西的下落。还有，定下了这个地方的真正理由。很快悠注意到了对自己来说谁是重要的存在……
面对伤痕累累，一路蹒跚走过的她，悠要如何面对呢？在阳光灿烂的初夏天空下，故事，就这样开始了……
春假，为了赚得购入动画BD而打工的阿宅安艺伦也在樱花飞舞的道路上遇到了某个少女，对该少女感兴趣的伦也更以她为模特儿制作了相关的同人游戏，一个月后，该少女成为了他的同班同学。为了制作游戏，伦也陆续找了美术部王牌来负责插画、学年第一名的学姐来写作剧本，一行人以Comiket为目标开始进行相关的游戏制作。
20世纪末，15岁的少年榊原恒一由于父亲前往海外公干的原因，于是来到亡母的家乡夜见山市，暂住阿姨三神怜子家中等待转入新的学校。在此期间，他的旧病复发，入院治疗，某夜，恒一在空荡荡的走廊内邂逅一名穿着他即将入学的学校的校服的、左眼戴着眼罩但阴气逼人的少女，这似乎预示着一段不平凡生活的开始。病愈出院，恒一顺利转入夜见山北中学3年3班，同学们热情亲和，可是似乎对他隐藏着什么秘密，而且他也再次看见医院的那名眼罩女孩——同班同学见崎鸣。当他尝试接近见崎时，殊不知自己已经无意间掣动了死亡的闸门……
从小时候起，绫濑千早的理想就只有一个——辅佐姐姐绫濑千岁称为日本第一的模特，为了实现这个理想，千早可谓是不择手段。但是，一个名为绵谷新的转学生彻底打碎了她的幻觉。“不是自己的事就不算梦想！”被绵谷一语点醒的千早决定将理想转移到绵谷教会她的“小仓百人一首竞技花牌”上，一个全新的，为了自己的理想而不断奋斗的千早新鲜出炉了！
作为青梅竹马，完美少年真岛太一一直暗恋着千早，可不知如何表达感情的他却总是忍不住的要欺负心爱着的千早。眼看着千早和绵谷因为花牌越走越近，太一决定加入他们的“花牌社”，同时也开始了千早的争夺战。时光飞逝，三人早已因为花牌而结下了深厚的友谊，毕业在即，三人约定，只要花牌存在一天，他们就终会再见面。
男主角笕京太郎是位具有能预测马上会发生的事件能力的高中生，作为图书社的成员过着随波逐流的人生。但是因为有樱庭玉藻、御园千莉、铃木佳奈、高峰一景，再加上不知为何经常来凑热闹的小太刀凪，本来是最棒的读书空间的社团室变成了午休时间的教室一般喧闹。故事便围绕着这样一群人的日常展开，不过在某些特定的关键时刻，大家会收到以牧羊人之名义发送的短信。男主小时候曾收到编号第771号牧羊人的书签，内容是牧羊人的人生纪录。那么牧羊人究竟是谁呢？
水明艺术大学附属高中校外独立宿舍，通称“樱花庄”是群聚了一群充满各式问题学生入住的特殊公寓，被一般人作为“怪人的巢穴”看待。因无法抛弃弃猫而被赶出一般宿舍的主人公神田空太也是其中的一份子。
本来应该以“脱出樱花庄”为目标的空太，却由于天才画家椎名真白的入住，导因于其连穿衣服都无法完全自行处理的“超”字辈等级的生活白痴水准，空太莫名奇妙的肩负起有如宠物般的“饲主”责任，开始了照顾真白和被其耍弄的哭笑不得的日子。
创校已有 50 年的女子高校“私立樱才学园”，因受到少子化的冲击，不得不改制为男女合校。但因为是第一年同时进行男女招生，男生人数还相当稀少，全校男女生的比率为女生 524 人:男生 28 人。故事的男主角津田隆利，作为改制后第一年入学的28名男性新生之一，因缘际会之下被拉入了学校的学生会。在外人眼中，学生会正常应该像是后宫一般的人间天堂，但是在津田身边的三位学生会女干部的性格都非常独特。这些对异性有着好奇心的青春期少女们，藉着以讹传讹的错误知识以及天马行空的脑内补完，不断的爆出许多惊人之语。不过，原本应该要是婉若身处于后宫之中的男主角，却必须忙着吐槽女生们，根本毫无闲情逸致体验美好的校园生活。
在其他正要展开「蔷薇色」高中生活的高中生中，本作的男主角折木奉太郎却是一个「灰色」的节能主义者，即凡没必要的事不做，因为不想后悔，有人说他疏离、厌世也没所谓，因为这就是他的作风。这样的他，却因为姐姐的命令而进入了濒临废社的「古籍研究社」，虽然好不容易招到了四名新社员，但却又卷入了三十三年前社长突然退学的谜团之中。而社长当年留下命名为「冰菓」的社刊，内里究竟又隐藏了什么引人落泪的讯息······
在某个小镇，主角冈崎朋也因为家庭的因素成为不良少年，一直与春原阳平为伍，在光坂高校过着潦倒的生活，但希望终有一天能够离开所在的小镇。某一天，他在学校坡道前发现了一个止步不前的女孩，在朋也认识了这个名为“古河渚”的女孩后，他的生活开始有了重大的变化。
第一季为主角和女主角们之间所发生的事件，第二季After story为主角在中学毕业之后，与渚共同生活的日子，其中还穿插了“幻想世界”，《CLANNAD》就是由这三个要素所组成的故事。