故事围绕着两位表面上看来没有共同点也互不了解对方存在的年轻女性展开。玛德拉丝是在陷入内战的卡萨索尼卡王国里一位对自己过去没有印象的传奇的雇佣兵和暗杀特务。另一位女主角是玛格丽特・巴顿，她是宁静的欧洲国家那芙列斯一个富裕贵族家庭的唯一继承人。在故事开篇的12年前，玛格丽特和她的母亲乘坐的飞机在卡萨索尼卡坠毁。那次事件之后，飞机上的乘客以及担任救援人员指挥工作的玛格丽特的父亲一直行踪不明。但是，玛格丽特独自一人回到了那芙列斯，可是已失去了记忆，她唯一能回想起的只有“玛德拉丝”这一个词，然而这条线索将两位少女联系在了一起。自从强大的犯罪集团安纺的神秘的幕后主使人显示出对她们两人的兴趣，她们开始对安纺展开独立的调查。
在基于兴趣而参加的可疑巴士旅行当中会合的30名年轻男女。旅行的目的地是名为纳鸣村的、无从确定其存在的幻影之村。在“纳鸣村”能够不受现世的羁绊束缚，如同乌托邦一般地生活……他们低语着，这如同都市传说般的话语。对现实的世界绝望了，想要逃离无聊的日常，想要让人生重来。
载着怀抱各自的思绪及心中伤痛的30人，巴士驶向大山深处。之后，30人所到达的地方是，早已腐朽、毫无生活气息的无人集落。
30人到达的“纳鸣村”的真相究竟是？
发生在高中2年的暑假结束之后的暑假。男主角的高中生涯已经所剩无几，可他觉得自己还没有接过吻。也没有谈过恋爱。这样下去高中生活貌似就不完整了。他准备改变自己，打算与自己喜欢的女孩子渡过一个月后的学园祭。于是男主角开始不停的徘徊于暗恋对象、青梅竹马、憧憬者、同班同学等等一堆美少女之间寻找真爱。
只会拍摄灵异照片的摄影师森丘耕平，为了取材来到了德国的古城堡，与吸血鬼少女叶月相遇了。在城里被幽禁的叶月，吸了耕平的血、想作为“仆人”逃出城里，可在耕平身上却没有一点效果。后来不知不觉的耕平破坏了城里的封印装置，与叶月成功的从城里逃了出来，为了寻求母亲的的行踪而来到了日本。到达了日本的叶月，来到了耕平与祖父一起居住的家，无理取闹般的和他们住在了一起。自小也失去了母亲的耕平，看到了叶月与自己的重叠，决定作为保护者保护叶月一起寻找母亲。
故事发生于日本江户时代，天下太平之世。受骏河大纳言·德川忠长之命，把通常只用木剑进行的御前比赛改由真剑进行比试。这个御前比试中有2位剑士藤木源之介和伊良子清玄。藤木为独臂而伊良子则是盲人，这2人都出自于被传为绝世剑士的岩本虎眼门下的道场。两人出现在比武大会即是继承岩本道场为目标达到武士道的顶点，而顶点永远只需要一个人，于是围绕着这2人的命运为轴展开了一场血腥厮杀。
故事剧情描述的是一个有关“第二次冲击”的记事，公元2000年有颗巨大的陨石坠落在南极冰山附近，高温造成部分冰块溶化，连带使得全球水位上涨，接下来的天灾人祸更是连绵不断，公元2015年又出现了新的入侵者，一种似人的巨大机械战斗群，人们将之称为”使徒”，大概是影射他们是上帝派来的使者，要来消灭作恶多端的人类吧。人类此刻的各种军事武器对使徒可说是毫无用处，为此,当时地球的政治中心决定重用NERV这个组织，他们以最精密的技术，花费巨资研究出一种以驾驶员的神经直接控制的”泛用人形决战兵器”，这种高科技产物将驾驶员与机器做了精细的契合，籍由意志及身体的反映来控制EVA。不过由于当时这些技术还在研发阶段，所以有许多障碍还无法立即克服。而且因为并不是每个人都能自由的驾驶EVA。驾驶人选一直是NERV最头疼的地方，除了符合条件的人难觅，而且还必须经过几个月训练才能和EVA达到同步活动的基本能力。而后，在世界上发现了3名可以驾驶EVA的少男少女，人们把希望都寄托在了他们身上
在这个世界上，总能找到和你同样的名字的人。或许在你们相遇的时候，你们的命运就会交错在一起。
小松奈奈和大崎娜娜的名字都叫NANA，但她们却是从性格到经历都不相同的两个女孩子。小松奈奈天真可爱，但生于温室里的她不懂世故，在小天地里只有她的男朋友。大崎娜娜来自破碎的家庭，她性格坚强，行事果断，渴望成为一个朋克乐手。命运让这两个性格截然相反的NANA在生命的驿站中相遇了。
小松奈奈去东京见男友。在火车上，与她同座位的是摇滚乐队主音大崎娜娜。到了东京之后，两个人分开了，但她们却又在同一个房间里相遇，并且，还成了同屋。虽然两个人的性格不同，但外表刚强果断的大崎娜娜与单纯可爱的小松奈奈却能在性格上相互补充，成了一见如故的好友。
故事的主人公是在某个陈旧的房屋中过着单身生活的高中生夜知春亮。某天夜里，当他醒来之时因为感觉到了厨房里有可疑迹象而很担心，在那里竟然有个吃着脆饼干的全裸女贼。这个名叫菲娅的少女表示自己是被诅咒的道具，为了解除诅咒而访问了夜知家。拥有能承受诅咒体质的春亮与那位美少女的同居生活开始了，然而这只是一切的开始！两人与同是同居者的黑绘一起，与想要企图找出及破坏被诅咒的道具的各种各样的组织展开战斗。
战后一段时期内的东京，美少女分尸杀人事件引起世间的骚乱。这其中，引退的前女优柚木阳子的妹妹也行踪不明。与此同时，出现了祭祀匣的奇异的灵力者，接著巨大的匣型建筑物的存在开始浮显於世，围绕著匣所发生了许多奇怪的事件……於是，侦探榎木津礼二郎、作家关口巽、刑事木场修太郎等与事件相关的人物都聚集在了京极堂的身边。
原电影女演员美波娟子的妹妹加菜子，不知道被谁给带走了。当时正好社会上发生了种种事件，如在东京八王子发生的连续杀人碎尸案，“御筥样”祭祀时宗教奇妙的传言，和箱型建筑物之间存在的联系……驱魔的京极堂、小说家关口、刑警木场、侦探榎木津，开始追踪事件真相！
继人气玩具设计师鹭月子在回家途中被袭击之后，小学生牛山尚吾、家庭教师蝶野晴美、警官蛭川也被同一个少年用金色球棒击倒。“球棒少年”戴着遮住眼睛的棒球帽，手持金色球棒，脚上穿着金色的旱冰鞋。接手这个案件的猪狩警官发现，先后受袭的几个人之间，有着丝丝缕缕的相互联系，而他们中的每一个，在被袭击之前都正在承受巨大的心理压力……