在古老的过去，这片大地上存在着五大截然不同的种族。传说三千年前，女神族率领着妖精族、巨人族和人类，对拥有不详毁灭力量的魔神族进行讨伐，结合四个种族的力量最终将魔神族封印，大地恢复和平。这场战争被后世称为圣战。
故事发生于布里塔利亚大陆上的里昂尼丝王国，国王预言传说的圣战将再启，王国的圣骑士们为了备战而进行军备强化，进而发动政变囚禁国王、压榨奴役国民。担忧着国家现状的第三王女伊丽莎白，将救国的希望寄托于传说中的逆贼——由七名凶恶的大罪人组成的最强骑士团七大罪，从而独自踏上寻找的旅程。注定无果的旅程中，疲惫不堪的伊丽莎白误入某个酒馆，被身为店主的金发少年救下，这名少年正是七大罪的团长梅利奥达斯。在将公主从追兵的危机中解救出来后，他们踏上了寻找昔日的同伴、拯救王国未来的旅途。
女主角桃园奈奈生因好赌而欠债的父亲不知去向，被讨债的人赶出了家。在走投无路之时，她帮助了一位被狗追的懦怯的男人，得知她的遭遇后神秘的男人说出了“我把我的家转让给你吧。”这样出奇的话。无家可归的奈奈生虽然半信半疑，但还是前往了男人所说的住所……到了那儿发现那是一间荒废的神社。那懦怯的男人的正体正是离家出走的土地神。作为神社转让的代价，奈奈生开始了当土地神的新生活。
游戏业界是一个与现实相异的世界，存在着四个由女神统治的国家：Planeptune、Lastation、Leanbox和Lowee，四个国家为了争夺女神力量之源“Share”而展开长期战争。但是，因惧怕长期战争导致国力衰弱，女神们最终缔结了禁止武力争夺Share的《友好条约》。就这样，游戏业界迈向崭新的未来，四个国家的女神和候补生妹妹也开始了新的生活。
一宫恵瑠奈在初中时期过着单纯的御宅生活。在亲人与表哥二宫时雨的说服下开始挑选想要就读的高中，挑选条件毫无疑问是“可爱的制服”。最终挑选的结果是私立御神乐学园，虽然原本因为“二宫就读”而在最初就剔除，不过一宫在招生指南上看到御神乐星锁穿着制服的模样后马上就回心转意。不过，开学当天对今后生活心情激动的一宫，却在新生欢迎会上见到学长姐们暴走的身影。而且，这所学校里存在着“一个月内未参加任何社团活动的人将被强制退学”这样的校规。一宫能在学园中度过理想中的校园生活吗?
为了解开父亲死亡的谜团，流浪女子高中生——缠流子，一路追寻着唯一的线索“手持单片剪刀的女人”，转入了本能字学园。
本能字学园中存在一种能够赋予穿着者特殊力量的“极制服”，而学生会会长鬼龙院皋月正是凭借着这种强大的力量以及绝对的恐怖统治着整个学园。
掌握着“手持单片剪刀的女人”相关情报的皋月、想要向皋月打探出消息的流子——两个人的相遇究竟是偶然，抑或是必然！？
学园中掀起的万丈波澜，将会在不断升级中席卷一切！
春假，为了赚得购入动画BD而打工的阿宅安艺伦也在樱花飞舞的道路上遇到了某个少女，对该少女感兴趣的伦也更以她为模特儿制作了相关的同人游戏，一个月后，该少女成为了他的同班同学。为了制作游戏，伦也陆续找了美术部王牌来负责插画、学年第一名的学姐来写作剧本，一行人以Comiket为目标开始进行相关的游戏制作。
在此岸与彼岸的交界处，八百万神明和服侍他们的死灵——神器，以及被称为妖的魑魅魍魉一同生活着。
某天，普通的女初中生一岐日和因一个意外而遇到了居无定所、没有工作、自称是“神”的穿着运动衫的夜斗。当然，此话不假，夜斗正是没有神社供奉、缺少香火的落魄神明，因为性格缺陷，导致手下的神器纷纷跳槽。怀抱“受万民景仰”这个伟大的他，只好只身在此岸与彼岸间徘徊，为五元（日语中“五元”与“有缘”同音）的香油钱折腰，接受上至斩妖除魔，下至修东修西的各类委托 。
然而像这样一个性格粗心大意、性情不定，而且不能很好地听祈愿、没有人知道的神明却有一个能力，那就是将此岸与彼岸以及其夹缝——世上各种杂七杂八的东西斩断。
不久的未来，人类在与病毒性寄生生物“原肠动物”的战争中败北，人们被驱逐至狭窄的领土并怀着恐惧与绝望苟且偷生。居住於东京地区的少年里见莲太郎是对抗原肠动物的专家“民警”一员，而他的搭档蓝原延珠则是一位有点早熟女孩子。以特殊能力战斗的两人某天接获了政府的特别命令，内容则是避免东京毁灭的高度机密任务……
在网络上成为都市传说的天才玩家兄妹·空和白实际是家里蹲尼特族。他们将将世界称为“垃圾游戏”。某天，这两个人某一天被自称“神”的少年召唤到了异世界。那是被神明禁止了战争，一切交由游戏来决定”的世界——没错，就连国境线也是一样。被其他种族逼入绝境，只剩下最后一座都市的“人类种”。空和白，两名废人兄妹到底能否在异世界成为“人类的救世主”？——那么，让我们开始游戏吧！
故事发生在关东南部的城市川神市。时间是从4月到11月，主人公直江大和与年少时结成的伙伴们一起就读于同一所学校——川神学园，由三男五女的伙伴一起演绎的学园闹剧开始了。五位主要女主角都是拥有武士的血统并且习武的女子，分别对应了新渡户稻造的作品《武士道》一书中“武士必须的五个要素——【诚】，【勇】，【仁】，【礼】，【义】。”