107年前（743）年，世界上突然出现了人类的天敌“巨人”，面临着生存危机而残存下来的人类逃到了一个地方，盖起了三重巨大的城墙。人们以自由为代价，在这隔绝的环境里享受了一百多年的和平，直到艾伦·耶格尔十岁那年，50米高的“超大型巨人”突然出现，以压倒性的力量破坏城门，其后瞬间消失，巨人们成群的冲进墙内捕食人类。
艾伦亲眼看着人们以及自己的母亲被巨人吞食，怀着对巨人无法形容的憎恨，誓言杀死全部巨人。城墙崩坏的两年后，艾伦加入104期训练兵团学习和巨人战斗的技术。在训练兵团的三年，艾伦在同期训练兵里有着其他人无法比拟的强悍精神力，即使亲眼见过地狱也依然勇敢地向巨人挑战的艾伦，如愿以偿加入了向往已久的调查兵团。
主人公·秋山奏隶属于学校的天文学会，而天文学会当中有着许多个性丰富的成员。他们在一起解决发生在内滨学园的各种怪异事件。而他之所以加入天文学会，也有着一段不为人知的故事：某天因为受伤的关系，他放学后不得不继续留在学校的保健室当中，这时他却听到教学楼方向传来奇怪的声音。而当他急忙赶到现场后，居然发现一名全裸的少女倒在地上！这个名叫古川结的少女虽然没有明确表露身份，但似乎早就认识秋山奏的样子。第二天古川结就加入了天文学会，之后受到学生会的委托，开始与天文学会的成员一起调查学校周围发生的“校内幽灵事件”、“睡眠病”、“事故频发地区”等灵异事件……
国中二年级学生天野雪辉习惯远离所有人，以一个旁观者的角度把亲眼所见的事当作日记记录在自己的手机中。一天，时空之神Deus把未来日记植入他的手机，日记中记录的是他未来90天发生的事，包括考试内容、遇到的危险等。
这个日记代表着持有者的未来，一旦被破坏，持有者将会同日记一同消失。Deus选定了十二位未来日记的持有者、他们之间将会进行一场生死游戏，而最后生存的人将会成为Deus的继承者，掌握支配时空的神之座。起初、弱小的雪辉选择联手爱慕自己的我妻由乃；随着游戏的进行，雪辉渐渐发现由乃的奇怪思想及行为。
而故事也向着内向冷淡的雪辉的成长、盲目爱慕雪辉的我妻由乃的动向、以及十二位独具个性的未来日记所有者进行的斗争展开。
本作以与现实中有微妙差异的现代日本为舞台，讲述了昵称为“小白”的 少年伊佐那社是引发某起事件的嫌疑人，而本人却对此毫无记忆。为了调查事情的真相，“赤之王”周防尊率领吠舞罗，“青之王”宗像礼司率领Scepter4，都在全力追赶伊佐那社，并在追赶的过程中互相冲突。莫名其妙的伊佐那社亡命奔逃，邂逅了一身黑衣的长发少年夜刀神狗朗（即前任无色之王的弟子），从此，伊佐那社的命运之路飞速的向着不可知的方向发展……
独自生活的贫穷高中生浅野真一郎，在级任老师的推荐下，来到校内同学年的岛津朔邪家打工当帮佣。
真一郎才刚来到岛津家，就莫名其妙地被卷入与妖魔战斗的情况中！
而且他还发现了原来封魔除妖是岛津朔邪的维生工作。
就这样，真一郎打工帮佣的内容除了家事之外，还包括必须帮助岛津封魔除妖……
而在各种因缘际会之下，事态突然出现激烈的转变!?
主角春日野悠和他的双胞胎妹妹穹在父母死于事故之后，来到了位于名叫奥木染的小村的祖父的家中，在那里开始新的生活。一边和不习惯的家务事奋战，一边还要照顾平时足不出户、什么事情都不会的妹妹穹，悠的生活变得异常艰辛。
在与昔日到访奥木染时认识的天女目瑛和依媛奈绪重遇、认识了新的朋友、和以前一样几乎没有变的城镇和人们。这令人怀念的回忆和温馨的环境，治愈着悠心中的伤痕。在这样的过程中，慢慢地发生了一些变化。儿时定下的只属于两个人的秘密约定以及所失去的重要东西的下落。还有，定下了这个地方的真正理由。很快悠注意到了对自己来说谁是重要的存在……
面对伤痕累累，一路蹒跚走过的她，悠要如何面对呢？在阳光灿烂的初夏天空下，故事，就这样开始了……
为了解开父亲死亡的谜团，流浪女子高中生——缠流子，一路追寻着唯一的线索“手持单片剪刀的女人”，转入了本能字学园。
本能字学园中存在一种能够赋予穿着者特殊力量的“极制服”，而学生会会长鬼龙院皋月正是凭借着这种强大的力量以及绝对的恐怖统治着整个学园。
掌握着“手持单片剪刀的女人”相关情报的皋月、想要向皋月打探出消息的流子——两个人的相遇究竟是偶然，抑或是必然！？
学园中掀起的万丈波澜，将会在不断升级中席卷一切！
和见日郎受到姐姐的来信邀请，来到信中地图所示的屋子。但这却是一幢房门紧锁，连窗户也被钉死的废屋。
日和只好倒回山脚下的城镇，却在这遇到了堆满家俱用品的货车。
驾车的是一位女仆装的奇怪少女：一头长发、身着黑连衣裙的凛凛风姿的美少女正坐在货物顶上。这辆车正卡在路旁的水沟中动弹不得。
此时，恰好从正上方施工的大楼屋顶上掉下一根铁柱！为保护少女而被铁柱压在下面的日和，虽然被救护车送到了医院，但还是不治身亡。然后，被日和救下的少女出现在安置在灵堂里的日和的遗体前。奇怪的是，当时看到被铁柱砸到而奄奄一息的日和后，少女这样说到：「真棒的尸体」然后正如少女所说，在已经变成尸体的日郎面前少女再次出现，并高举起食指。不一会，她的指尖聚集起如珠子般的火焰，这火焰滴在盖着日和的脸的白布上。然后，日和的身体开始恢复阳气。
籍着喝下正好在场的少女「姬」的血， 日郎才得以暂时死而复生，不过却因此卷入激烈的战斗中，「姬」是统治怪物的王族一员，正处在与兄弟姊妹们争夺王位的旋涡之中。作为「血的战士」服侍公主的日郎，在跟想要姬的命而不断地出现的怪物们的战斗中，逐渐知道了姬隐藏了的素颜。
“焰牙”是凭借超化后的精神力将自己的灵魂具现化所创造出的武器。本作的主人公——九重透流，因为拥有这种千人中才有一人具备的能力，所以进入了教授使用“焰牙”作为战斗技术的昊陵学园就读。然而不知为何，透流的“焰牙”并非是武器，而是防具“楯”。就这样，因这种异能而受到了学校众人的关注的透流，遵照被称为“绊双刃”的学园拍档制度，须与银发美少女茱莉整天在同一房间里一同度过……故事也由此正式展开。
“minimum”——小小的奇迹。极少部分人类先天便拥有这种异能。
2014年，奈斯与紫两人组成侦探组合“ハマトラ”，把咖啡店“Now-where”的一角当成事务所。
两人提到一件委托，他们发现这与旧识警察亚特正在追查的连环杀人案有异曲同工之处——被害者全部都是“minimum”能力者。
同为能力者的奈斯和紫也被卷入了案子。
为了实现愿望，年轻人们贯彻“觉悟”进行战斗，跌宕起伏的战斗剧就此开始。