公元2029年，近未来的日本。此时，企业网络已覆盖全球，电子与光信号高速流通，但信息化程度尚未达到令国家和民族概念消亡的地步。
全身义体化的生化人草薙素子，在率领以巴特为首的精英部队执行任务的过程中，始终希望建立一支以“防范犯罪于未然”为核心目标的特殊部队。
与此同时，内务省官员荒卷大辅亦在构想一支类似的部队，遂将草薙及其团队成员招募至麾下。
草薙等人自此成为公安9课——一支带有攻性性质的组织，即俗称的“攻壳机动队”，正式开始活动。
在对抗涉及国家间谋略的复杂电脑犯罪过程中，草薙等人在调查一起案件时，逐渐注意到一名身份不明的黑客——“傀儡师”的存在。
草薙的命运将走向何方？
傀儡师的真正目的又是什么？
新的赛博朋克动作故事，由此展开——！