故事发生在昭和58年初夏，在远离都市的山中小村·雏见泽。从大都市搬家到这个人口连2千都不到的村落中的前原圭一，以自己开朗擅于言谈的性格很快与学校的同学打成了一片。他最好的朋友是喜欢照顾人的礼奈、首领一样的班长魅音、陷阱高手的沙都子、古手神社的女儿、有着不可思议的气质的梨花……就这样与伙伴们过着平凡的每一天。但是，在毎年6月举行的祭典“绵流祭”的那天，从几年前开始毎年都会发生一人死亡，一人去向不明的连续怪死事件，事件的真相是什么？犯人是谁？圭一因为自己的好奇心踏入了村里黑暗的领域，以那一天为界线，圭一的身边的人们慢慢的、却又的的确确发生了变化。
国中二年级学生天野雪辉习惯远离所有人，以一个旁观者的角度把亲眼所见的事当作日记记录在自己的手机中。一天，时空之神Deus把未来日记植入他的手机，日记中记录的是他未来90天发生的事，包括考试内容、遇到的危险等。
这个日记代表着持有者的未来，一旦被破坏，持有者将会同日记一同消失。Deus选定了十二位未来日记的持有者、他们之间将会进行一场生死游戏，而最后生存的人将会成为Deus的继承者，掌握支配时空的神之座。起初、弱小的雪辉选择联手爱慕自己的我妻由乃；随着游戏的进行，雪辉渐渐发现由乃的奇怪思想及行为。
而故事也向着内向冷淡的雪辉的成长、盲目爱慕雪辉的我妻由乃的动向、以及十二位独具个性的未来日记所有者进行的斗争展开。
在其他正要展开「蔷薇色」高中生活的高中生中，本作的男主角折木奉太郎却是一个「灰色」的节能主义者，即凡没必要的事不做，因为不想后悔，有人说他疏离、厌世也没所谓，因为这就是他的作风。这样的他，却因为姐姐的命令而进入了濒临废社的「古籍研究社」，虽然好不容易招到了四名新社员，但却又卷入了三十三年前社长突然退学的谜团之中。而社长当年留下命名为「冰菓」的社刊，内里究竟又隐藏了什么引人落泪的讯息······