柯赛特当年的爱人，画师马尔切罗·奥兰多为了永远留住柯赛特少女时期的美。无论如何柯赛特都会长大，这样一来，对于画师而言，他心中的柯赛特的美丽将不复存在。这对于一个对艺术，对美学无限追求的人来说是不可饶恕的“罪行”
画师要亲手杀死自己的爱人——柯赛特
既然画像已经完成，柯赛特的美将会永恒保存，而不断长大的本体则将是对于这样的“美”的一种玷污，和一种否定。追求完美的画师又怎能允许这样的存在？于是对美的追求已经接近痴狂的画师亲手扼杀了柯赛特本人，而让柯赛特的肖像代表着柯赛特的美，而永远存在……
全剧以“哥德萝莉”为主题，内容充满著哥德式恐怖，悬疑及神秘的气氛随处可见，也有恋爱故事的描写。作品的标题隐藏着重要的秘密。登场角色柯塞特的声优是从公开试音会中挑选的新人井上麻里奈，同时也成为了本作主题曲的主唱者。
故事中拥有不死之身的女人，生存在日常与非日常的疯狂、快乐与猎奇的夹缝之中。以时代变迁后的东京的新宿为主要舞台，不停地发生着一系列脱离常轨的事件——连续杀人事件、暗杀要人事件、使用生物武器的恐怖活动、非法研究、普通及非普通、疯狂与性爱、以及激烈的打斗等元素互相交织，描写了人类、不死者、天使及神的所作所为。
自己在新宿创办了事务所的麻生只磷，与一位对自己的记忆没有实感的青年前埜光辉相遇了。决定帮助光辉寻找出记忆的麻生，发现青山制药与这件事有所牵扯。并立刻混进了青山制药所开的PARTY中去寻找全新的线索，不过，却遭到了一位名叫萝拉的谜般女子的袭击。
留宿在学校的“学园生活部”的4名成员，气氛制造者的由纪、喜爱铲子（？）的胡桃、带领着大家的悠里、可靠的学妹美纪。在温柔的顾问慈姐的守护之下，她们早上起来拿面包干当早餐，在屋顶的菜园收获小西红柿，追着从房间里逃出来的小狗“太郎丸”跑遍整个学校……虽然有时也会发生些不得了的事情，但大家一起生活的每一天仍然满溢着在那之上的快乐。她们的“学园生活部”今天也元气满满地活动中！
然而，在这份看似幸福的日常中却隐藏着……
某天于地球上空出现许多孢子，其中诞生的幼虫侵入身体后，以寄生脑部为目标，寄生完成后与脑部细胞同化，管理这个“死掉的身体”。它们能任意变形，其食物便是与寄生体相同的物种。由于寄生生物的出现，到处频传残忍的杀人事件，但人类却淡漠地忽视这种仍属少数的案件，而寄生生物逐渐了解人类世界，学会开始计划组织并利用政治的力量，使世界陷入恐慌中。男主角泉新一就是被寄生生物寄生的人类之一，但是由于某种意外，寄生在他体内的生物并没有吃掉他的大脑，而只是取代了他的右手。本性善良正直的泉新一没有被这突如其来的残酷命运击倒，为了被寄生生物杀死的亲友以及所有人类的未来，他决心与其他完全体寄生兽进行殊死搏斗。
近未来的警世预言！
为了防止地球暖化，日本政府决定将东京完全森林化，
但是，那里绝非理想国香格里拉！
21世纪中叶，由于地球暖化造成环境危机，联合国决定强制向各国征收「碳排放税」，以期降低碳排放量。但是日本关东地区发生史无前例的强烈地震，市区完全崩毁，加上日本政府缴不出碳税，因此决定放弃东京，使其成为全世界最大的「森林区」，藉以吸收二氧化碳，减少碳税支出。
同时，日本政府也向东京一千万居民承诺，将于东京上空透过人造建地，打造一个名为「亚特拉斯」的新市区，在空中重建东京及政府组织。在亚特拉斯建造期间，东京的土地逐步被广大的造林地取代，许多住民被迫流离失所，由于暖化在森林区中繁衍开来的热带植物，也引发了早已绝迹的多种热带传染疾病，加上气候的异常，东京市区不断降下暴雨，每每造成大范围的淹水。昔日繁盛热闹的东京市区，俨然成为一座灰暗的死城。
然而，兴建完成的新市区亚特拉斯实际上只能容纳三百五十万人，多数人民无法移居进去，只能在宛如人间炼狱的地面上不断苟延残喘。难民不满的情绪逐渐高昂，激进派反政府组织——「金属世纪」应势崛起，采取激烈的手段，誓言与万恶的日本政府抗争到底。
金属世纪的新一代领袖北条国子是一名18岁女高中生，拥有过人的敏锐直觉，肩负引领「金属世纪」人民的重责大任。因为自己的直觉，她时常能在自己心中听到一个说话声，她试图掌握话声来源，意外发现竟是来自亚特拉斯。国子的内心深信不疑──亚特拉斯正在呼唤她……
故事以三名亚特拉斯候选继承人为主轴展开：
太阳──反抗军「金属世纪」领袖北条国子
大地──日本政府军陆军少尉草薙国仁
月亮──超能力古典美少女美邦
故事发生在昭和58年初夏，在远离都市的山中小村·雏见泽。从大都市搬家到这个人口连2千都不到的村落中的前原圭一，以自己开朗擅于言谈的性格很快与学校的同学打成了一片。他最好的朋友是喜欢照顾人的礼奈、首领一样的班长魅音、陷阱高手的沙都子、古手神社的女儿、有着不可思议的气质的梨花……就这样与伙伴们过着平凡的每一天。但是，在毎年6月举行的祭典“绵流祭”的那天，从几年前开始毎年都会发生一人死亡，一人去向不明的连续怪死事件，事件的真相是什么？犯人是谁？圭一因为自己的好奇心踏入了村里黑暗的领域，以那一天为界线，圭一的身边的人们慢慢的、却又的的确确发生了变化。
别扭的，没有朋友，没有女朋友，对着那些讴歌青春的同学吐槽着“他们都是骗子，都在说谎，快点爆炸吧我”的男主角的爱情物语，将来的梦想是“不工作”——
这样的高中生比企谷八幡（其实本体算是个现充）被生活指导老师平冢静带到了学校第一美少女雪之下雪乃所属的“侍奉部”。“侍奉部”是一个暗中帮助学生们解决问题的部门，所以不对外招募部员，都是以介绍的方式为部门输送新鲜血液。进入了奉仕部的八幡，和与他有着完全相反血液的由比滨结衣，中二病全开的材木座义辉，网球部的可爱男孩子户冢彩加等人展开了一段段奇妙的故事。
作品以21世纪初的日本某乡镇为舞台，描绘著一名高中少年“阿良良木历”与少女们遇到许多日本民间传说的怪谭故事。本作品跟一般怪谭故事不同，不以击退妖怪或寻找事发原因之类的解谜作为主线。作品主要透过对话，为男主角和少女们之间的内心作深刻描写。对话多到让主要事件差点完全中断，亦加入了许多后设以及对社会和其他作品的讽刺。故事之中还加入了恋爱喜剧，以及详细的动作元素，可说是作者把想要的东西都写进去的作品。所以，作者自评本作为他的自信作，亦称之为“以很难媒体化为目的而写的小说”。
故事讲述能看见妖怪的“四月一日君寻”进入了别名为次元的魔女并自称伪名为“壹原侑子”所拥有的能够实现任何愿望的店。而当时四月一日正为自己能够看见妖怪而烦恼，而侑子说只要四月一日能付出对等的代价，就可以帮助四月一日实现 “可以让你看不见妖怪，而且，让妖怪不受你的血所吸引”的愿望。因此，四月一日答应侑子的条件，而侑子就开出让四月一日在其店中打工作为代价，而实现其愿望。而故事就是围绕四月一日在侑子的店中所遇到的怪异事件。
2036年，日本东京核电厂发生爆炸，全市受到严重的核辐射污染，遭到封锁。这座曾经繁荣的首都城市如今变成了死城。与此同时，三名经过基因改造的、体内具有辐射抗体的女高中生，成立了一支代号为“柯佩莉昂娃娃”的救援队伍。她们仅凭借三人之力，以自己的眼睛去搜寻着生还者。在救援过程中，她们面临着危险的断垣残壁以及恐怖的变种生物，她们要在困难中突出重围，拯救生还者。