被无法与人类沟通的异生物——奇居子破坏的太阳系，只剩下一小部分的人类尚存活。为了生存，他们制作了如同小行星般巨大的宇宙播种船，并在宇宙中进行旅行。在千年后的今日，这支原本庞大的舰队早已四散漂零，幸存的播种船也大多在孤军奋战。
在原本由日本国政府建造的播种船希德尼娅上，在地下层部长大的少年谷风长道自祖父死后在寻找食物的过程中误入上层市区，并在一番追逐后被逮捕，令他意外的是，舰长小林并未加以处罚，而是将其送入人型兵器「卫人」的操控师训练学校（军校），并要求他成为一名卫人驾驶员为希德尼娅效力。 在这段暴风雨前的宁静之中，他认识了第一个友人科户濑伊佐奈，并对星白闲(学生代表，排名第二的操控师)开始抱有异性意识，并认识了岐神工业（军工）的少当家，高傲的岐神海苔夫(排名第一的操控师)。
和各式各样的训练师一同度过校园生活的谷风长道，获得了首次的任务。虽然不是非常艰难的任务，但在谷风长道和队友们面前，突然出现了奇居子！遭遇沉寂了100年后的突袭，初入敌阵的谷风长道和队友们将如何应对？
关乎人类存亡的战斗现在开始了！
在已被彻底探索殆尽的世界里，名为“深渊”的大洞是硕果仅存的秘境。
这个深不见底、不知会延伸到何处的巨大垂直洞穴中，不仅栖息着各种稀奇古怪的生物，还沉睡着现今人类所做不出来的珍贵遗物。
“深渊”那处处充满不可思议的神秘样貌，吸引人们前仆后继地前去冒险。渐渐地，大家开始将那些多次挑战大洞的冒险者们称为“探窟家”。
孤儿莉可住在兴建于深渊四周的城镇“奥斯”，她梦想着将来要成为像她母亲一样伟大的探窟家，并一解深渊之谜。
某天，她母亲莱萨的白笛被人发现，让莉可因此下定决心要潜入深渊的深处。她捡到的失忆机器人雷格，也为了寻找自己的记忆而决定与她同行。
莉可在深界四层被穿珠的毒给侵蚀折磨，拯救她的是名叫娜娜奇的惨剧终末。娜娜奇加入之后，三个人便继续前往彭多尔多所在的深界五层冒险。在那里，他们遇见了一个自称普鲁修卡的女孩。由彭多尔多抚养长大的她对外界一无所知。普鲁修卡深深着迷于莉可的冒险故事，并希望能和莉可一起冒险，然而她却惨遭彭多尔多利用来做实验。
不过后来普鲁修卡改变形体，变成莉可的白笛，与她一同朝深界六层“不归之都”前进。在那里有座“惨剧终末的村子”，那是拥有自己一套价值观的惨剧终末们所生活的地方。
有一天，对这个世界绝望了的加贺道夫发现了一个奇怪的网络游戏。
游戏中写着，如果这个世界不好生存的话，就在异世界生活就好了。等待着设定和角色创建结束的道夫的，是与现实不同的真正的异世界。
以存在各种技能、任务、魔法、迷宫等宛如游戏般的异世界为舞台，利用可以自由重新设定自身状态的能力，道夫的冒险拉开了序幕。
安兹很烦恼。作为安兹·乌尔·恭魔导国的国王，该如何引导这个国家呢。
因为有雅儿贝德、迪米乌哥斯等优秀的NPC们和不眠不休地工作的不死人，魔导国现在成为了安全、没有饥饿的地方。但是，生活在那里的人们仍然怀着恐惧和不安，街道就像火熄灭了一样安静，失去了往日的活力。
在找不到答案的情况下，安兹独自访问了冒险者工会。向工会主席艾恩扎克提出一个建议。
另一方面，对突然出现的魔导国感到困惑的各国统治者们也各自寻求了对抗对策。不知安兹能否阻止各国的阴谋，打造自己的理想家园。
安宁的日常——背后却暗藏秘密。
将犯罪防患于未然的秘密组织——“DA（Direct Attack）”，隶属于DA的少女特工——“莉可丽丝”。
理所当然的日常，都要归功于她们。
咖啡厅“莉可莉可” 作为DA支部，员工有号称史上最强莉可丽丝的精英·锦木千束、优秀却暗藏隐情的莉可丽丝·井上泷奈。
这里供应的不光是咖啡和甜品，还有照顾孩子、代为购物、教外国人日语等服务，全都不像是“莉可丽丝”会做的事。
自由随性又乐天的和平主义者·千束和效率至上的泷奈，反差巨大的两人组成搭档，开始了忙忙碌碌的每一天。
现代文明因为一起空前绝后的大灾难而毁灭，但顽强的人类还是存活了下来。只是这一起惊天动地、把人类逼到穷途末路的大灾难还带给了人们一份额外的“礼物”——那就是吸血鬼！他们成为了人类新的威胁，自称为“长生种”，拥有着极长的寿命。人类并没有屈服在他们的淫威之下，而是和吸血鬼展开了旷日持久的战斗。在罗马，有着名为“教廷”的超国家宗教机构，他们为了守护人类而朝各地派遣了执行官。而在其中有一位名叫亚伯·奈特罗德的人，虽然看上去很不可靠，但其实真正的身分是吸食吸血鬼之血的吸血鬼。在和名为艾丝缇的少女相遇之后，人类和吸血鬼赌上存亡的大战发生了极大的变化。
混乱的世界，神和魔鬼就象镜子的两面，他们都相距人类很近，两者却有着天差地别的能力。圣堂的新神甫，看似一幅迷呼的表情，却有着不为人知的一面。只因他是身在神殿却流着恶魔之血的异种新人。一方面他的存在受人累排挤，另一方面圣殿的人为了对抗遍布世界的各种恐怖生物又要借助他的力量，在这种矛盾中故事拉开了序幕……
日本全境吹着会让一切锈化的“锈蚀风”。人们过着惧怕城镇和生命被锈蚀的生活。
赤星毕斯可是个为人忌讳的“蕈菇守护者”一族的少年，他为了拯救濒死的师父，踏上寻找能净化一切锈蚀的蕈菇灵药“食锈”的旅程。
旅行途中，他在忌滨邂逅一名貌美的少年医师猫柳美禄，美禄也同样在寻找方法，对付侵蚀重要姊姊的锈蚀。当两名少年携手为了拯救所爱的人时，新的冒险即将展开。人心至今，依旧不锈。
“贯穿苦恼、抵达喜悦。”――L.V.贝多芬
音乐是照亮人心的光――
突然之间，那份“光”被世界给夺走，自黑色陨石“黑夜陨铁”从天空中降下的那晚，世界样貌因此改变。黑色陨石当中出现了异形的怪物“D2”，开始将大地与人们蹂躏。D2被人们演奏的歌曲所吸引，最终“音乐”被视作为禁忌。
但是，反抗那些怪物的反抗者挺身而出。
以音乐作为力量的少女们――“奏者”。她们的身上寄宿着人类史上残留的伟大歌剧、歌曲的乐谱，利用这股力量击败D2。然而，指挥并引导她们的便是“指挥家”。
2047年，美国因为与D2之间的抗争而荒废。作为指挥家的“磔人”与奏者“命运”一同向着纽约展开旅途。在失去音乐的世界当中，渴求音乐的“磔人”期望歼灭D2的奏者“命运”，两名的少年与少女创作出的旋律，会是喜悦还是绝望呢――
“我一定会拯救你的。”
打倒了担任“怠惰”的魔女教大罪司教，贝特鲁吉乌斯.罗曼尼康帝后，菜月昴和爱蜜莉雅又再度相遇了。在跨越了痛苦的诀别，终于能够和解的两人身边，新的篇章却又开始了。超乎想像，九死一生的危机，以及冷酷无情的现实向他们袭来。少年将再次起身，面对残酷的命运。
2071年，人类居住的场所已经扩展到整个太阳系，相位差空间门使得行星间的旅行变为可能。
在那以前50年，即公元2022年，地球上空的相位差空间门的开发试验过程中的一次重大事故使得地球和月球遭到了毁灭性的打击。月球的一部分从月球分离，无数碎片化为陨石落到地球上。地表变得一片荒芜。
讽刺的是，根据这次意外得到的资料，却促进了相位差空间门的完成。由于地表被射线污染，人类逐渐移民到太阳系的其他星球。国家不复存在，不同语言不同文化的人杂居在一起，在各星球上形成了具有独自文化特征的社区。
就像第二次世界大战以后的混乱时期一样，一个奇妙而又充满了活力的新时代来临了。经济复兴的地区的黑社会势力逐渐扩张，另一方面，随着贫富差距进一步扩大，犯罪者也以极快的速度增加。这段时期后来被称作怒吼的二十年（Roaring Twenties）。各种各样的黑手党和黑社会分子层出不穷，毒品交易等暗中进行的违法活动也扩大了。
时光流逝，各行星和卫星都成为了独立的国家，不知道地球的一代也长大了。相位差空间门技术变得完全稳定，成为了对人们生活不可或缺的一部分。各行星之间结成了太阳系刑警警察机构（Inter Solar System Police，即ISSP），共同对抗星际之间的犯罪。