L.C.922年，人们面临空前的危机。
神话世界Tetraheaven的百年战争终结后，败北的魔神们为了寻求新的安住之地而向人间界Septpia袭来。背负着从异世界使者（Foreigner）手中守护城镇宿命的警察特殊机关ALCA，其下所属的年轻Logicalist们被政府强加上守护街上人们的使命，利用特殊能力与异世界的女神们合体（Trance），投身于战场。
虽然缺少某种“Logic”，却仍然与家人过着幸福生活的民间人·剑美亲，某天在拼命让遭受魔神袭击的人们避难之时，与美丽的女神雅典娜相遇了。她手中所拥有的是，美亲本应已失去的“Logic”。之后，美亲与雅典娜一同，被引导向意想不到的命运。
世界的未来被托付到年轻的Logicalist天生的“运气（Luck）”与“逻辑（Logic）”之上——。
位于日本超偏远地区的某家粗点心（古早味零食一类）店中，有一位梦想著成为漫画家的少年鹿田九，但他却被自己的父亲鹿田洋以半强迫的方式要求继承店面经营。此时一位拥有亮丽外表的千金大小姐枝垂莹突然登场，并透露出洋身为业界名人的事实。以此为契机，一连串环绕着这家小店的粗点心喜剧就此开演！
自幼患难治之症，六年前遭遇事故失去双亲，自己也身受重伤的少女——七转福音，变成了除了大脑全身都是义体的孤独少女。被远亲拜托而前往人工岛“赛男克鲁岛”的她，在那里遇到了猫耳女仆装的美少女型杀人机器克拉里昂…百合与羞耻PLAY的故事就此展开……
本作以虚构的极限运动”疾走”为主题，以六人一组的队伍，其中一位作为指挥，其余五人担任跑者，是以都市街道为比赛舞台的街头田径接力赛。起初因为“方南学园疾走社”比赛影片而对此项运动非常著迷的少女“樱井奈奈”，高中进入方南学园高中就读后，为了重振即将废社的疾走社，与疾走社的少年们相遇，跨越障碍以高中疾走竞赛的顶点——东日本大会“EndofSummer”为目标迈进。
结果战争并没有消失。
但是有了变化。在人类默默进行无聊的彼此杀戮之中产生变化。
超大型武器——OBJECT。
它的出现改变了战争的一切。
派遣到战场留学的学生，库温瑟，在整备基地遇见带着奇妙氛围的少女。人称“ELITE”的那名少女——正是“OBJECT”的驾驶员。
在不久的将来，这名微不足道的少年将会为了这名少女，以个人的血肉之躯对抗最强的武器“OBJECT”。
这次邂逅就是一切的开端——
哈尔希洛从一片黑暗中醒来。这是什么地方，为何身在此地，以及，自己从何处而来，这一切皆是不知。周围是数名与自己境遇相同的男女。他们一同从黑暗中踏出，前方展开的是未曾见过的，名为「格林姆迦尔」的世界……记忆、金钱、特别的力量——什么都没有的的现实里，他们渐渐认识到：生存，并不简单。
故事设定在一个人类可以自由自在地翱翔于天际，甚至比骑自行车还要简单的普通世界。在那里，流行着一种名为“Flying Circus(飞翔马戏团)”的运动，而曾被视为该项运动的未来之星、被寄予厚望的天才少年日向晶也，因为某一次压倒性的败北，而选择默默地离开了空中竞技的赛场。但是，在他与突然转校而来的仓科明日香邂逅以后，他的心中又重新燃起了炙热的感觉，于是一场关于努力挥洒热血、释放青春汗水的恋爱物语就此开启了。
那扇门，没人知道它“何时、何地、以何种形式”存在着。那扇门，从未有人“看过、接触过、到达过”。
然而，当“门”打开时，人类居住的“常界”、妖精居住的“天界”、魔物居住的“魔界”将彼此交融，世界的秩序将会被破坏殆尽。没有人知道这扇门是如何打开？被谁打开？为了什麼而打开？人们仅仅因敬畏而如此称呼这道门───神圣之门Divine Gate。
在本世纪初，因为恐怖分子袭击阿赖耶识研究所基因实验基地的关系，导致特殊病毒的泄露，从此人类的大脑当中出现了变异，开始能够看到一些幽灵般的存在——“phantom（怪灵）”。而在此次事件前后出生的孩子当中，一部分人就拥有能够跟怪灵战斗的能力，为此防卫省也于中小学内成立“脑功能异常对策室”，安排孩子们解决怪灵问题。主人公·赫塞亚学院高一学生一条晴彦便是其中的一员，而他跟前辈川神舞、被称为“怪灵吞噬者”的和泉玲奈以及“反怪灵要员”水无濑小糸一起投入到同怪灵的作战，然而世界的真相还在等待他们去揭开……
东京，池袋。
向往都市生活的少年龙之峰帝人接受从小一起玩到大的好友纪田正臣邀约离开家乡来到东京进入池袋来良学园上学。
而在池袋有几个绝对不能招惹的人物，尤其是被誉为“最强”的平和岛静雄和经营情报屋的折原临也这两个人。另外，池袋有一个正体不明的独色帮组织，名叫“Dollars”。
然而，就在上京的第一天，因为对池袋复杂的关系而感到不安的帝人就亲眼目睹了骑着黑色摩托在街头穿行的都市传说“无头骑士”——塞尔提·史特路尔森。
于是，随着池袋接连发生的砍人魔事件，无头骑士、Dollars、砍人魔、黄巾贼等陆续浮出水面，围绕着一串串谜团，池袋正面临着崩坏中，一连串非日常的故事开始了。