故事发生在诚教学园初中部，由于历史悠久的缘故，许多不思议事件在校园中广为流传。某日，少年新谷真一迷失在了犹如迷宫一般的校舍之间，夕阳下，一个黑发少女的身影出现在了他的视线中。少女穿着真一没有见过的古老校服，空洞的眼神里充满了哀怨。难道，我遇见了幽灵？真一兴奋的这样想着。
原来，幽灵少女名叫庚夕子，15岁那年不幸去世，因为失去了记忆，因此也想不起来究竟是如何死去的，为此苦恼的夕子这才每日徘徊在校园之中，成为了众多灵异事件的始作俑者。作为唯一能够看见夕子存在的人，真一成为了寻找夕子记忆的头号人选，一个名为“灵异调查部”的社团就这样成立了。
东京大地震十个年头以来，以东京复兴为目的建造的观光与刑务结合，日本唯一的完全民营化刑务所—亡灵幻境。长野县立亡灵幻境4高中初二的学生五十岚丸太在10年之前经历了东京大地震，但是由于年纪小的缘故，对地震前的事情记得不是那么清楚。现今的他过着如此平凡的每一天。这本该是他一直生活的地方。直到一个红色男人的出现，漂浮在空中的这个男人将五十岚丸太所在班级的学生全部杀光，只剩下丸太一人……
舞台设定在了未来钢铁构架高楼林立的纽约曼哈顿，深夜五名看上去并无瓜葛的少女分别躺在黑色豪华轿车中被护送回家。途中，其中一辆受到袭击，少女被不明人物劫走……第二天，余下的四名少女都发现自己的身体产生了奇妙的不协调感，而且自己无法回忆起前一天晚上所发生的事情。到了学校以后，正在困惑的少女们被老师告知了惊人的消息，她的同学，也就是被不明人物劫走的那一名少女―莉兹，在郊外被发现以已经连续发生过五次的神秘自杀事件的样子死去了。仍然沉浸在悲伤与困惑的少女，不约而同地被只有她们才可以看到的蝴蝶带领到了夜晚的仓库街，正当她们为彼此的出现感到惊讶时，从阴影中走出了身穿黑色西装，自称是少女们“教官”的女性，那名女性对她们说出了如同谎言一样的话语：“你们，已经死了。”
故事讲述了被人称为最后的名侦探结城新十郎，与他的拍档因果，组成了要解明这世上之谜及真实的侦探二人组合。在面对常理不能解释的谜题或案件时，凭着新十郎的推理及因果的协力，这些难题往往也会迎刃而解。但是，当新十郎对案件越发思考之时，他便发现某些地方的不对劲，并随着他的深入了解，他和因果更渐渐与某件大事件扯上关系。
哲志和好朋友们因为准备文化祭而留在学校，他们七人玩起了讲鬼故事的游戏，不久老师带着哲志的妹妹来了，催他们回家。临走前，喜欢鬼故事的班长提议他们用咒符玩“幸福的幸子”，来祈祷他们七人友谊永存，永远在一起。然而当他们举行完仪式，奇怪的事情发生了，教室突然猛烈摇晃起来，一阵巨响后地面轰然坍塌，所有人都掉了进去。
等他们醒来后，发现自己身处一个古旧的小学校舍里，这所废弃学校门窗紧闭，恐怖诡异。直美发现了昏迷的世以子，二人随后一起行动，企图离开这个可怕的校舍。但是更可怕的事情在后面等着她们，受害者一个个地出现。
到了最后，天神小学的谜团一一被解开，整件事情的幕后黑手得到了超渡。哲志、步美、岸沼、由香与直美逃离了天神小学。
讲述的是弘濑琢磨小时经历了与母亲的死别，心里受到了很深的伤害。为了疗养，他转学到了亡母乡下的学校，在那里，他遇到了三位少女……顽固地避开与他人接触的小日向速美；很照顾人但有些冒失的班长神乐日向；还有自称是“时间所发出的声音的精灵”的音羽。另外还有爱捉弄人的田端由衣；开朗的八云浜诗等，经过与这些新朋友的相识，琢磨克服了自己内心的伤痕，溶入到转校后的生活中去，但是……在这个小社会中，有着琢磨所不知道的秘密。当琢磨宣告告别少年时代时，就是向着大人的阶段前进了一步。但这个过程无比地严酷，避无可避的战斗连续发生…
男主角玄野计在地铁的月台看见小学时代的好友加藤胜。正义感强的加藤打算帮助掉下了到路轨上的流浪汉，不过，与一起帮助的玄野一起，被驶来的电车撞死了。瞬间，他们出现在高级公寓的室内。应该死了的人们被聚集到那里。房间中央有个神秘的大黑球。「GANTZ」给他们指示，「消灭」外星人，然后再被传送到另一地方。被神秘物体「GANTZ」聚集，应该死了的人们也不明白理由，他们必须与神秘的外星人作战。他们为何必须战斗？并且，能延长寿命吗…
某日在雾弥湖的上空中出现了谜样的圆盘，一度造成全世界的混乱与恐慌，但飞碟却只停留在空中，并没有进一步的行动。在时间流逝中人们渐渐对这件事失去了兴趣……就在两名少女相遇后，静止的时间再次流动，让众人有所改变的全新故事展开，中学生活最后那一年，将拥有一生无法忘怀的回忆。
故事舞台是从东京都西部被分割出来、拥有230万人口的巨大都市。由于其中约有八成都是学生，所以被称为“学园都市”。“超能力开发”被列为学校课程的一部分。学生们每天都在超能力开发上进行相互竞争。根据能力高低不同，可以分为6级，从无能力（level 0）到超能力（level 5）。
故事的主人公上条当麻是名平凡的高中生，作为无能力者的他并非完全没有能力，而是他名为“幻想杀手”的特殊能力能够将一切异能（包括超能力和魔法）无效化。在宿舍阳台上他遇见了一位纯白修女。这位少女自称“茵蒂克丝（Index）”，是从魔法世界逃了出来，现在正在被魔法师追赶中。就这样，掌握了十万三千本魔道书的少女与拥有抹杀一切幻想的“幻想杀手”右手的少年一起，经历了一系列惊险故事。
作品描述了“那一族”唯一存活下来的少女与跟本说不上是存在的“半妖”少年的二个人之间的故事。由人类与妖梦所生出的少年神原秋人某天在学校的屋顶上遇到从天而降的少女栗山未来。就算在异界士中，她也算是拥有著特异之诅咒一族最后活下来的少女。不变的教室、不变的日常、不变的世界，原本日子理应如此一天一天的走过。不过……唯一生存下来的少女与半妖少年的相会成为了这个世界唯一的改变……。