讲述的是弘濑琢磨小时经历了与母亲的死别，心里受到了很深的伤害。为了疗养，他转学到了亡母乡下的学校，在那里，他遇到了三位少女……顽固地避开与他人接触的小日向速美；很照顾人但有些冒失的班长神乐日向；还有自称是“时间所发出的声音的精灵”的音羽。另外还有爱捉弄人的田端由衣；开朗的八云浜诗等，经过与这些新朋友的相识，琢磨克服了自己内心的伤痕，溶入到转校后的生活中去，但是……在这个小社会中，有着琢磨所不知道的秘密。当琢磨宣告告别少年时代时，就是向着大人的阶段前进了一步。但这个过程无比地严酷，避无可避的战斗连续发生…
男主角玄野计在地铁的月台看见小学时代的好友加藤胜。正义感强的加藤打算帮助掉下了到路轨上的流浪汉，不过，与一起帮助的玄野一起，被驶来的电车撞死了。瞬间，他们出现在高级公寓的室内。应该死了的人们被聚集到那里。房间中央有个神秘的大黑球。「GANTZ」给他们指示，「消灭」外星人，然后再被传送到另一地方。被神秘物体「GANTZ」聚集，应该死了的人们也不明白理由，他们必须与神秘的外星人作战。他们为何必须战斗？并且，能延长寿命吗…
某日在雾弥湖的上空中出现了谜样的圆盘，一度造成全世界的混乱与恐慌，但飞碟却只停留在空中，并没有进一步的行动。在时间流逝中人们渐渐对这件事失去了兴趣……就在两名少女相遇后，静止的时间再次流动，让众人有所改变的全新故事展开，中学生活最后那一年，将拥有一生无法忘怀的回忆。
故事舞台是从东京都西部被分割出来、拥有230万人口的巨大都市。由于其中约有八成都是学生，所以被称为“学园都市”。“超能力开发”被列为学校课程的一部分。学生们每天都在超能力开发上进行相互竞争。根据能力高低不同，可以分为6级，从无能力（level 0）到超能力（level 5）。
故事的主人公上条当麻是名平凡的高中生，作为无能力者的他并非完全没有能力，而是他名为“幻想杀手”的特殊能力能够将一切异能（包括超能力和魔法）无效化。在宿舍阳台上他遇见了一位纯白修女。这位少女自称“茵蒂克丝（Index）”，是从魔法世界逃了出来，现在正在被魔法师追赶中。就这样，掌握了十万三千本魔道书的少女与拥有抹杀一切幻想的“幻想杀手”右手的少年一起，经历了一系列惊险故事。
作品描述了“那一族”唯一存活下来的少女与跟本说不上是存在的“半妖”少年的二个人之间的故事。由人类与妖梦所生出的少年神原秋人某天在学校的屋顶上遇到从天而降的少女栗山未来。就算在异界士中，她也算是拥有著特异之诅咒一族最后活下来的少女。不变的教室、不变的日常、不变的世界，原本日子理应如此一天一天的走过。不过……唯一生存下来的少女与半妖少年的相会成为了这个世界唯一的改变……。
故事发生在昭和58年初夏，在远离都市的山中小村·雏见泽。从大都市搬家到这个人口连2千都不到的村落中的前原圭一，以自己开朗擅于言谈的性格很快与学校的同学打成了一片。他最好的朋友是喜欢照顾人的礼奈、首领一样的班长魅音、陷阱高手的沙都子、古手神社的女儿、有着不可思议的气质的梨花……就这样与伙伴们过着平凡的每一天。但是，在毎年6月举行的祭典“绵流祭”的那天，从几年前开始毎年都会发生一人死亡，一人去向不明的连续怪死事件，事件的真相是什么？犯人是谁？圭一因为自己的好奇心踏入了村里黑暗的领域，以那一天为界线，圭一的身边的人们慢慢的、却又的的确确发生了变化。
过去大战时期，日本帝国陆军为将咒术运用在军事上而建立阴阳寮，并派任传说中阴阳师安倍晴明的後裔、土御门家当家的天才阴阳师土御门夜光担任统领，成功缔造日本咒术界的改革，成为现代咒术之父。
大战末期，处于败势的帝国陆军要求夜光实行大规模咒术仪式以挽回局势，但结果仪式失败，不只做为执行者的夜光身亡，还强烈的扰乱首都东京的灵气，使东京百鬼夜行、妖魅纵横。直到了战后阴阳寮改名阴阳厅，负责处理日本各地－主要是东京－发生的灵力灾害，而阴阳师也因而活跃在现代的舞台之上。
土御门春虎是个出生土御门家的少年，虽身为阴阳师名门后代，却毫无阴阳师才能，过着一般人的生活。某年夏天，春虎遇见了他的童年玩伴，也是土御门家的下任当家的少女夏目。过去曾允下承诺如今却分道而行的两人，在此刻相见之后，土御门的历史开始转动了起来……
如月伸太郎，因为居住在其电脑中的电脑少女Ene恶作剧而使键盘及鼠标故障，为了添购替代品而中止长达两年的自宅守备任务，与Ene一同出门，不巧在百货公司被卷入恐怖份子策划的事件。
另一方面，如月伸太郎的妹妹人气偶像如月桃也正处于逃避疯狂人群的窘境，碰巧遇上拥有遮蔽目光能力的目隐团团长木户蕾。因为自己吸引目光的能力而苦恼的如月桃，认为木户蕾有能力治疗自己的体质而加入目隐团。由于小樱茉莉的失手使如月桃的手机故障，木户使用能力协同几人前往百货公司，正巧遇上事件，然后如月伸太郎就加入了目隐团……
《那朵花》是一部用直达内心的笔触描写青春期的少男少女在面对恋情、友情、纠葛时，有欢欣笑容也有伤心泪水的青春原创动画片。
从小时候起一直青梅竹马的6人，却在升上高中之后彼此有了距离。不太与人们接触的主角宿海仁太、有点被小太妹熏染的安城鸣子、进入重点高中的松雪集与鹤见知利子、放弃读高中而展开旅行的久川铁道、只有幼年死去的本间芽衣子（灵魂，只有仁太能看见）还是一如从前。有一天，芽衣子对仁太说：“帮我实现一个愿望吧”。仁太虽然有点为难，却还是答应帮助面码实现愿望。以此为契机，为了实现芽衣子的愿望，分散在各处的大家又再次地聚集在一起。
在学校总是独来独往的羽濑川小鹰，在一次偶然的情况下
邻人社社员介绍，目击到总是摆出一副臭脸的美少女三日月夜空一个人很开心地自言自语。
“难、难道你看得见幽灵之类的东西？”
“我只是在跟朋友讲话而已，跟我的空气朋友讲话！”
（这家伙没救了……）
小鹰和夜空聊了一下该怎麼交朋友的话题，没想到夜空竟然凭著莫名其妙的行动力成立一个以交朋友为目的的问题社团。
而且也不知道是哪里搞错，问题美少女们还接二连三地申请入社！
大家卯起来打美少女游戏电玩，一起去游泳、一起演戏。
似乎一直没有抓对要领的他们，果真能交到朋友吗？