故事剧情描述的是一个有关“第二次冲击”的记事，公元2000年有颗巨大的陨石坠落在南极冰山附近，高温造成部分冰块溶化，连带使得全球水位上涨，接下来的天灾人祸更是连绵不断，公元2015年又出现了新的入侵者，一种似人的巨大机械战斗群，人们将之称为”使徒”，大概是影射他们是上帝派来的使者，要来消灭作恶多端的人类吧。人类此刻的各种军事武器对使徒可说是毫无用处，为此,当时地球的政治中心决定重用NERV这个组织，他们以最精密的技术，花费巨资研究出一种以驾驶员的神经直接控制的”泛用人形决战兵器”，这种高科技产物将驾驶员与机器做了精细的契合，籍由意志及身体的反映来控制EVA。不过由于当时这些技术还在研发阶段，所以有许多障碍还无法立即克服。而且因为并不是每个人都能自由的驾驶EVA。驾驶人选一直是NERV最头疼的地方，除了符合条件的人难觅，而且还必须经过几个月训练才能和EVA达到同步活动的基本能力。而后，在世界上发现了3名可以驾驶EVA的少男少女，人们把希望都寄托在了他们身上
国民级人气偶像团体，成员数达150名以上的Sweet，当中的人气第一及第二的便是女主角萩原樱和宫泽惠丽奈。然而有一天，宫泽惠丽奈在一次电视节目的录影过程中被一名女性职业摔角手风间璃绪弄伤，萩原樱对此事十分气忿，并为了替惠丽奈报仇，决心进入女性职业摔角界，誓向风间璃绪报仇。就这样，一名超人气的偶像派歌手萩原樱，便成为一名摔角新手，并接受著各种严厉的训练。
在这个世界上，总能找到和你同样的名字的人。或许在你们相遇的时候，你们的命运就会交错在一起。
小松奈奈和大崎娜娜的名字都叫NANA，但她们却是从性格到经历都不相同的两个女孩子。小松奈奈天真可爱，但生于温室里的她不懂世故，在小天地里只有她的男朋友。大崎娜娜来自破碎的家庭，她性格坚强，行事果断，渴望成为一个朋克乐手。命运让这两个性格截然相反的NANA在生命的驿站中相遇了。
小松奈奈去东京见男友。在火车上，与她同座位的是摇滚乐队主音大崎娜娜。到了东京之后，两个人分开了，但她们却又在同一个房间里相遇，并且，还成了同屋。虽然两个人的性格不同，但外表刚强果断的大崎娜娜与单纯可爱的小松奈奈却能在性格上相互补充，成了一见如故的好友。
故事的主人公是在某个陈旧的房屋中过着单身生活的高中生夜知春亮。某天夜里，当他醒来之时因为感觉到了厨房里有可疑迹象而很担心，在那里竟然有个吃着脆饼干的全裸女贼。这个名叫菲娅的少女表示自己是被诅咒的道具，为了解除诅咒而访问了夜知家。拥有能承受诅咒体质的春亮与那位美少女的同居生活开始了，然而这只是一切的开始！两人与同是同居者的黑绘一起，与想要企图找出及破坏被诅咒的道具的各种各样的组织展开战斗。
战后一段时期内的东京，美少女分尸杀人事件引起世间的骚乱。这其中，引退的前女优柚木阳子的妹妹也行踪不明。与此同时，出现了祭祀匣的奇异的灵力者，接著巨大的匣型建筑物的存在开始浮显於世，围绕著匣所发生了许多奇怪的事件……於是，侦探榎木津礼二郎、作家关口巽、刑事木场修太郎等与事件相关的人物都聚集在了京极堂的身边。
原电影女演员美波娟子的妹妹加菜子，不知道被谁给带走了。当时正好社会上发生了种种事件，如在东京八王子发生的连续杀人碎尸案，“御筥样”祭祀时宗教奇妙的传言，和箱型建筑物之间存在的联系……驱魔的京极堂、小说家关口、刑警木场、侦探榎木津，开始追踪事件真相！
故事发生在私立山星高校中，拥有如同春风一样温暖人心笑容的永濑伊织、外表腹黑毒舌，实际上内心十分细腻脆弱的稻叶姬子、各方面都只能被称为在普通水准的八重樫太一、武功高强却患有男性恐惧症的桐山唯、作风轻浮但其实非常专一的青木义文，这五名文化研究部的部员们像往常一样过着平静的一天，但他们不知道的是，不久之后，他们的命运即将因为某件事情被发生颠覆。
人格转换就这样毫无预兆的发生了，这种只有科幻小说里才会发生的桥段让部员们感到不知所措。然而，震惊之后，兴奋感随之而来，能够利用别人的身体体验这世界的机会不可多得。但随着人格转换的发生，部员们内心深处藏匿着的隐秘感情和伤感过往也无法再继续隐藏，他们能够乐观的面对这些或是伤感或是残酷的真相吗？
继人气玩具设计师鹭月子在回家途中被袭击之后，小学生牛山尚吾、家庭教师蝶野晴美、警官蛭川也被同一个少年用金色球棒击倒。“球棒少年”戴着遮住眼睛的棒球帽，手持金色球棒，脚上穿着金色的旱冰鞋。接手这个案件的猪狩警官发现，先后受袭的几个人之间，有着丝丝缕缕的相互联系，而他们中的每一个，在被袭击之前都正在承受巨大的心理压力……
公元2061年。所谓的全球变暖早已成为历史，而这时的世界已经被冰河期初期的环境所笼罩。住在意大利图斯卡纳的伽利略后代三姐妹——叶月、神月、星月，突然遭到谜之组织的袭击，之后更是变成了国际通缉犯。谜之组织的目的是“伽利略的遗产”，而对此一无所知的三姐妹，必须携起手来，共度难关。然而问题是，这三位姐妹性格差异过大，想让她们齐心协力，难度实在有点大。
所谓的遗产与组织的真相究竟是？三姐妹的命运又会如何？
三人三样的少女们，即将展开战斗系动作冒险剧。
故事讲述的是在近未来的某个时间，人们已经不生存在自然世界中，而是生活在Romdo（穹顶）里；人类不需要感情的存在，只要遵守秩序，就能成为良好市民，维持生命。故事从移民Vincent来到穹顶开始，他的监护人Re-I是个美丽的警局工作人员，同时也是穹顶最高执政者的孙女。Vincent到来后不久，穹顶就发生了多起杀人事件，并有许多autoreiv被感染（autoreive为智能型机器人，有工作型、伴侣型、宠物型等等，所谓的感染即是被cogito侵蚀，简单来说就是产生了自我意识和情感），Re-I着手调查此事，新上任的警备局局长Raul也带着他的autoreiv出动。在此期间，Vincent的autoreiv感染死亡，并出现巨大的怪物追击他；Re-I在自己家中被怪物袭击，惊吓过度被送进医院。灰暗的画面，琐碎的情节，支离地构筑起Romdo的管理执法体系以及错综的人物关系；直到Vincent被当作违法者，而他又误会Re-I出卖了自己，心灰意冷之下，明白自己无法成为良好市民的他逃离了Romdo——用在旁人看来是自杀一样的方法。之后，故事出现了转机，令人惊讶的发现原来世界上并不只有Romdo的存在。
2039年、人类由暖化伴随的海面急剧上升、在陆上失去了庞大版图。
犹如与其呼应、云缠雾绕的谜之军舰群“雾之舰队”出现在世界各地的海洋、以搭载之超兵器开始攻击人类船舰。
人类投入持盈履满的战力、面临最终决战”大海战”、反在”雾”的压倒性武力前脆弱地落败。
全海域、搬运途径都遭”雾之舰队”封锁、政治经济於是崩坏、人类走回疲弊一路───────
自”大海战”後七年。
士官候补生・千早群像面前浮现了”雾之舰队”的潜水舰”I-401″。
该是敌人的”I-401、会对与其MENTAL MODEL”IONA”相逢之群像、以及人类带来什麼呢？