故事发生在一个类似欧洲中世界的“魔法武士世界”，这世界中的人们信奉“马鲁泽教”，视其教义为真理，而当中的“马鲁泽预言” 更是从未虚假。在有记载的5000多次预言中，仅有二次失误，因此所有国民也都遵照预言行事。
某次，《马鲁泽预言》 指出皇后所诞下的双胞胎中的女孩 (公主) 要立刻杀掉，因为她是会令世界灭亡的猛毒，到她16岁生日时便是猛毒发作的世界末日。正因如此，双胞胎中的女孩便被扔落悬崖杀掉。但15年後，皇室却发觉那女孩竟仍然活著，而且被一对能力很高的姐弟 (义兄义姐) 保护着，由于那女孩快要到16岁，所以皇室展开了一连串的追杀。
也因此， “废弃公主”帕希菲卡便开始了四处走难逃命的旅途…
某天，女大学生仓田亚美对有着小型轮胎的折叠自行车一见钟情。相信这是“命运的邂逅”的亚美，花光存款买下了“碰太君”。她与有过自行车旅行经验的儿时好友·新垣葵一同开始奔驰。流转的景色、轻抚肌肤的温柔的风……。第一次自行车旅行中所品味到的非日常体验，刺激着亚美的心灵与身体。“我……这样下去的话，感觉能走到任何地方”但，自行车旅行的现实，可不仅仅是轻松愉快的事！
五河士道只是一名普通的高校二年生，然而在在四月十日，随着一场奇怪的大爆炸（空间震），意外的与一名身穿盔甲手持大剑的神秘少女相遇。这名少女的正是所谓的“精灵”，是会给世界带来灾难的存在，因此这名少女也正遭到对“精灵部队·AST”的攻击。于是，有着会去帮助有困难、有悲伤的人的温柔性格的士道，主动提出要与精灵进行交涉的任务，随后，士道发现了自己拥有的特殊体质，那就是可以通过接吻，来封印（吸收）精灵力量的能力，并且将精灵受到致命伤恢复再生的能力。
在一次护送公司机密文件的途中，旭日重工的普通职员冈岛绿郎（浪川大辅 配音）遭到了名叫黑礁商会的神秘组织的袭击和绑架，机密文件亦被夺走。为了保证秘密不被泄露，旭日重工采取了消抹行动——包括文件和冈岛绿郎本人。在得知了自己被公司抛弃的消息之后，冈岛决定用自己的方式为自己谋得一条生路。冈岛向黑礁商会提出了入会的要求，并通过实际行动证明了自己的能力，之后以“洛克”之名开始全新的生活。
精明冷静的首领达奇（礒部勉 配音），个性刚强的双枪手薇拉（丰口惠美 配音），开朗淡泊的机械师本尼（平田广明 配音），在这些神秘人物的围绕下，洛克逐渐找到了同伴的感觉，同时，一条充满了危机与冒险的道路也在他的面前展开了。
传说，从古至今妖魔就潜藏在人类的世界中，人类对妖魔完全束手无策，于是求助妖魔猎人。妖魔猎人是身材苗条背着巨剑的银瞳女子，她们的身体里混有妖魔之血，可算是半人半妖。因背着巨大的剑，人们故而称呼她们为“大剑”。本作故事正是围绕着大剑中的一员克蕾雅和人类少年拉基，以及其他大剑成员的相遇相知而展开的冒险故事。
箱庭学园一年级的少女黑神目泷，是一名成绩优秀，运动万能，外表秀丽，家财万贯，十全十美的一年级生，于第98代学生会长选举中以压倒性的98%支持度胜出。她根据选举公约设置了“目标箱”，并招揽了青梅竹马人吉善吉和其他特别的朋友为成员，一起解决学生的问题。然而，随着意见箱所引发的事显得越来越高调，统领学园的其他势力开始注意到黑神的异常性。在合作不果后，这群人正式展开各种抗衡的手段……
2039年、人类由暖化伴随的海面急剧上升、在陆上失去了庞大版图。
犹如与其呼应、云缠雾绕的谜之军舰群“雾之舰队”出现在世界各地的海洋、以搭载之超兵器开始攻击人类船舰。
人类投入持盈履满的战力、面临最终决战”大海战”、反在”雾”的压倒性武力前脆弱地落败。
全海域、搬运途径都遭”雾之舰队”封锁、政治经济於是崩坏、人类走回疲弊一路───────
自”大海战”後七年。
士官候补生・千早群像面前浮现了”雾之舰队”的潜水舰”I-401″。
该是敌人的”I-401、会对与其MENTAL MODEL”IONA”相逢之群像、以及人类带来什麼呢？
在二十世纪袭击地球的大灾害“落星雨”之下，世界多数的都市遭到毁灭。但从陨石中发现的未知元素——万应素，让人类的科学技术加速发展，终于诞生出被称作“星脉世代”的、拥有特异之力的新人类。
故事发生在世界最大的综合战斗娱乐项目“星武祭”的舞台，由六所学院包围、通称为六芒星的水上学园都市“六花”。转学到星导馆学园高等部的特待生·天雾绫斗，为了实现自己的愿望，而发誓在这个都市中战斗。
故事舞台设定在一个名为“10年黑组”的全住宿制女子高中的班级，这个班级里的12名学生都是由暗杀者构成的，她们全都瞄准了她们的同学——一之濑晴的性命。即使她的性命被众多人觊觎，一之濑晴依然发誓一定要活着毕业。另一方面，同样也是准备夺取一之濑晴性命的暗杀者——转校生东兔角却在一次次接近对方时，渐渐地被晴所吸引。在同学们对晴展开攻击之时，兔角则以保护者的姿态与她们开始了战斗。
平凡的少年青野月音，因为高中考试失败，入读作为最后希望的妖怪学校—阳海学园。就在入学的第一天，月音在学园内遇到美少女吸血鬼赤夜萌香，萌香由于月音的血很好吃而喜欢月音。阳海学园事实上是不容许人类入读的，如果被人知道便会被杀死，于是月音与萌香决定一边隐瞒身份，一边在多灾多难妖怪学校生活，然而灾难一个接著一个，月音能否在这所学校平安生活呢？