作品以 2022 年为舞台，大厂牌电子机械制造商“ARGUS”开发出－“NERvGear”－能连结虚拟世界的机器。完全的虚拟实境终于能够实现。主角桐人使用 NERvGear 游玩 VR MMORPG《Sword Art Online》的玩家，幸运地参与过封测并买下正式版的桐人，和正式营运就马上“完全潜行”享受着正式版的 SAO 世界。
就在游戏四小时多后，桐人发现到“登出”指令竟然消失。认为只是系统暂时出错的桐人和开始陷入混乱的所有玩家们一起被传送到开始地点广场，并传来游戏设计者的死亡游戏说明：不能登出是游戏的正常现象，只有打倒位于“艾恩葛朗特”顶楼的头目，达成“完全攻略”才是离开这个世界唯一的方法……
村上良太始终忘不了自己儿时意外害死的青梅竹马，为了完成两人的约定，良太 加入天文社不断寻找外星人。
某日，班上来了一个跟他青梅竹马长得一模一样的少女转学生 黑羽宁子，可是她却自称为“魔法使”，“魔法使”的她在研究所里被手术与药物作相关的肉体改造得到了特殊能力，但其代价就是只要一天不服用镇死剂就会死亡。
而研究所为了追回宁子也派回收者前往，面对逼迫而来的高位魔法使与镇死剂的枯渴，被死亡的恐怖所逼迫的二人，其选择的道路会是……。
天上下着雪，纯白的雪花，从天空阴沉沉地飘落下来。北国的小镇，七年的离别，遗失的回忆，珍贵的事物，即将到来的春天，奇迹，即将上演。 祐一的双亲因为工作原因调去国外，不愿出国的他被迫借住在亲戚水濑家。时隔七年以后，祐一再度来到这北方的小镇。在这个七年前曾经住过，但失却了所有回忆的小镇上，和五个女孩相遇，相识。然后在春天到来时，一切都将结束，新的开始就会到来。
故事的主题是“希望与传承”，讲述了一个跨越千年的翼人传说。
一位懂“法术”的、以表演人偶为生的青年国崎往人，一天来到一个海边小镇，遇上了神尾观铃。国崎往人和他的祖先们一直都在寻找一位在天空中有翼的女孩子，而在和观铃一路相处之下，发现观铃可能就是他要寻找的女孩子……
在某个小镇，主角冈崎朋也因为家庭的因素成为不良少年，一直与春原阳平为伍，在光坂高校过着潦倒的生活，但希望终有一天能够离开所在的小镇。某一天，他在学校坡道前发现了一个止步不前的女孩，在朋也认识了这个名为“古河渚”的女孩后，他的生活开始有了重大的变化。
第一季为主角和女主角们之间所发生的事件，第二季After story为主角在中学毕业之后，与渚共同生活的日子，其中还穿插了“幻想世界”，《CLANNAD》就是由这三个要素所组成的故事。