在现实中，坂本龙太是一个个性孤僻沉默寡言的宅男，但在网络游戏“BTOOOM！” 里，龙太则化身成为了实力超强的世界级玩家。令龙太意想不到的是，在某一天，本该属于虚拟世界中的厮杀蔓延到了现实世界里来，连他在内的数十位男女被某个神秘组织强制带往了一个荒岛上，在那里，进行着与网络游戏同名的真人游戏。为了生存，龙太必须利用自己的能力同素不相识的陌生人们战斗到底。
金发碧眼的少女卑弥呼，曾经的好友织田信隆，狡猾残暴的今川义名，有着双重人格的吉良康介，他们为何会被卷入这场游戏？又是谁在背后操控着大局？一切尚在迷雾之中。
某一天，最强的魔法使公主锁部叶风被部下左门暗算，困在了无人荒岛；又有一天，一位少女被唐突杀害，犯人还未逮捕时间却已流逝；然后又在某一天，围绕着复仇与魔法，超越时间与空间战斗正式揭开了序幕！正气和狂气，理性和知性，自信和确信。在悲剧性的不合理的世界里，少年少女们的命运交缠纠结，故事开始了。
主人公·秋山奏隶属于学校的天文学会，而天文学会当中有着许多个性丰富的成员。他们在一起解决发生在内滨学园的各种怪异事件。而他之所以加入天文学会，也有着一段不为人知的故事：某天因为受伤的关系，他放学后不得不继续留在学校的保健室当中，这时他却听到教学楼方向传来奇怪的声音。而当他急忙赶到现场后，居然发现一名全裸的少女倒在地上！这个名叫古川结的少女虽然没有明确表露身份，但似乎早就认识秋山奏的样子。第二天古川结就加入了天文学会，之后受到学生会的委托，开始与天文学会的成员一起调查学校周围发生的“校内幽灵事件”、“睡眠病”、“事故频发地区”等灵异事件……
主角春日野悠和他的双胞胎妹妹穹在父母死于事故之后，来到了位于名叫奥木染的小村的祖父的家中，在那里开始新的生活。一边和不习惯的家务事奋战，一边还要照顾平时足不出户、什么事情都不会的妹妹穹，悠的生活变得异常艰辛。
在与昔日到访奥木染时认识的天女目瑛和依媛奈绪重遇、认识了新的朋友、和以前一样几乎没有变的城镇和人们。这令人怀念的回忆和温馨的环境，治愈着悠心中的伤痕。在这样的过程中，慢慢地发生了一些变化。儿时定下的只属于两个人的秘密约定以及所失去的重要东西的下落。还有，定下了这个地方的真正理由。很快悠注意到了对自己来说谁是重要的存在……
面对伤痕累累，一路蹒跚走过的她，悠要如何面对呢？在阳光灿烂的初夏天空下，故事，就这样开始了……
“焰牙”是凭借超化后的精神力将自己的灵魂具现化所创造出的武器。本作的主人公——九重透流，因为拥有这种千人中才有一人具备的能力，所以进入了教授使用“焰牙”作为战斗技术的昊陵学园就读。然而不知为何，透流的“焰牙”并非是武器，而是防具“楯”。就这样，因这种异能而受到了学校众人的关注的透流，遵照被称为“绊双刃”的学园拍档制度，须与银发美少女茱莉整天在同一房间里一同度过……故事也由此正式展开。
春假，为了赚得购入动画BD而打工的阿宅安艺伦也在樱花飞舞的道路上遇到了某个少女，对该少女感兴趣的伦也更以她为模特儿制作了相关的同人游戏，一个月后，该少女成为了他的同班同学。为了制作游戏，伦也陆续找了美术部王牌来负责插画、学年第一名的学姐来写作剧本，一行人以Comiket为目标开始进行相关的游戏制作。
本作故事略带悬疑色彩，舞台设立在了特别的地方——美浜学园，主人公风见雄二转校来到这里，而这个学园中只有5名少女：喜欢独处的大小姐、温柔而且喜欢照顾别人的少女、金发双马尾的傲娇女、天真活泼的妹系角色、认真且喜好穿女仆装的班长。与这5名性格各异的少女相遇，雄二的命运会发生什么变化呢，而总共只有6个人的美浜学园究竟隐藏着怎样的谜团，这一切正要开始上演。
从小就一直相信神明存在的伏见伊奈里，某天早上救了一只快掉进河里的小狐狸。后来当伊奈里正在因为失恋难过时，之前被她所救的小狐狸再次出现在她的面前。这只小狐狸实际上是神明的使者。小狐狸主人为了答谢伊奈里，答应实现她一个愿望。
到处旅行靠贩卖一些小商品为生的商人罗伦斯，从因为收获祭而沸腾的帕斯罗村回来后却发现自己的运货马车中貌似有什么东西在里面，罗伦斯把麦束拨开一看，里面却睡着一个长有狼耳和狼尾巴的少女。这位少女自称是“掌控丰收的贤狼——赫萝”，靠麦子为生的她如果遗失了脖子上挂的帕斯罗当地麦子就会死。赫萝死赖着罗伦斯希望他能够带她回到遥远的北方故乡，见到少女的一只手变化成狼脚的罗伦斯，虽然一边怀疑赫萝的身份，但一边也答应让想回到出生的「遥远的北方」的少女一同旅行，于是，狼女与商人“完全没有剑与魔法的”旅行由此展开。
某天，老牌网游《幻境神话》在引入第十二次资料片改版“开拓智域”之后，将日本三万名在线用户囚禁在了游戏中。
而游戏资历8年的大学生·城惠也被卷入了异世界之中。不断的与怪物战斗、想死也死不去的际遇。发生任何风吹草动都会被不安驱使的玩家充斥在街头，大和地区的最大都市“秋叶原”就这样失去了秩序。如同一匹孤高的狼般自负的城惠和老朋友·直继、美少女刺客·晓一起创立了公会“记录的地平线”。
于是，在这个现实与游戏奇妙融合的世界中，不善与他人交往的内向年轻人和伙伴们就此一起踏上了从废墟秋叶原开始改变世界的旅程。