在这个世界上，总能找到和你同样的名字的人。或许在你们相遇的时候，你们的命运就会交错在一起。
小松奈奈和大崎娜娜的名字都叫NANA，但她们却是从性格到经历都不相同的两个女孩子。小松奈奈天真可爱，但生于温室里的她不懂世故，在小天地里只有她的男朋友。大崎娜娜来自破碎的家庭，她性格坚强，行事果断，渴望成为一个朋克乐手。命运让这两个性格截然相反的NANA在生命的驿站中相遇了。
小松奈奈去东京见男友。在火车上，与她同座位的是摇滚乐队主音大崎娜娜。到了东京之后，两个人分开了，但她们却又在同一个房间里相遇，并且，还成了同屋。虽然两个人的性格不同，但外表刚强果断的大崎娜娜与单纯可爱的小松奈奈却能在性格上相互补充，成了一见如故的好友。
故事的主人公是在某个陈旧的房屋中过着单身生活的高中生夜知春亮。某天夜里，当他醒来之时因为感觉到了厨房里有可疑迹象而很担心，在那里竟然有个吃着脆饼干的全裸女贼。这个名叫菲娅的少女表示自己是被诅咒的道具，为了解除诅咒而访问了夜知家。拥有能承受诅咒体质的春亮与那位美少女的同居生活开始了，然而这只是一切的开始！两人与同是同居者的黑绘一起，与想要企图找出及破坏被诅咒的道具的各种各样的组织展开战斗。
故事发生在私立山星高校中，拥有如同春风一样温暖人心笑容的永濑伊织、外表腹黑毒舌，实际上内心十分细腻脆弱的稻叶姬子、各方面都只能被称为在普通水准的八重樫太一、武功高强却患有男性恐惧症的桐山唯、作风轻浮但其实非常专一的青木义文，这五名文化研究部的部员们像往常一样过着平静的一天，但他们不知道的是，不久之后，他们的命运即将因为某件事情被发生颠覆。
人格转换就这样毫无预兆的发生了，这种只有科幻小说里才会发生的桥段让部员们感到不知所措。然而，震惊之后，兴奋感随之而来，能够利用别人的身体体验这世界的机会不可多得。但随着人格转换的发生，部员们内心深处藏匿着的隐秘感情和伤感过往也无法再继续隐藏，他们能够乐观的面对这些或是伤感或是残酷的真相吗？
2039年、人类由暖化伴随的海面急剧上升、在陆上失去了庞大版图。
犹如与其呼应、云缠雾绕的谜之军舰群“雾之舰队”出现在世界各地的海洋、以搭载之超兵器开始攻击人类船舰。
人类投入持盈履满的战力、面临最终决战”大海战”、反在”雾”的压倒性武力前脆弱地落败。
全海域、搬运途径都遭”雾之舰队”封锁、政治经济於是崩坏、人类走回疲弊一路───────
自”大海战”後七年。
士官候补生・千早群像面前浮现了”雾之舰队”的潜水舰”I-401″。
该是敌人的”I-401、会对与其MENTAL MODEL”IONA”相逢之群像、以及人类带来什麼呢？
这里是海上交通要塞珠津岛，有着樱花观赏名所珠津山和号称永不枯竭的池塘千年泉。主人公支仓孝平转学来到珠津岛6年制全寄宿英国贵族学校“修智馆学院”，然而这里却有着吸血鬼……
新学年开始，高中一年级新生平泽唯在误将“轻音乐”当做了“轻便、简易的音乐”，而由于自己小时候玩响板得到老师表扬，于是萌发申请入部的想法。
另一方面，樱丘高中“轻音部”因原来的部员全部毕业离校，此时轻音部新成员只有秋山澪和田井中律两人，无法满足部员至少四人的最低人数要求即将废部，这下该如何是好呢？
此外，温柔可爱的千金小姐琴吹䌷被律强拉进入轻音部。
于是，这四名高一女生机缘巧合聚在了一起，便有了吉他手平泽唯、贝司手秋山澪、鼓手田井中律以及键盘手琴吹䌷，轻音部的故事也由此展开。
机巧魔术，那是人形使们用来操纵内藏着魔术回路的自动人形而用的魔术，拥有这种技术的最高学府是英国的沃普尔吉斯王立机巧学院，目前正举行着决定人形使之顶点“魔王”，通称为“夜会”的战斗。
如今有两个人影正走过它的大门，来自日本的留学生赤羽雷真与他的伙伴的少女型人形的夜夜，为了得到“夜会”的参加资格，雷真决定直接用决斗的方式从参加预定者那里夺取资格。
目标是次期魔王有力候补，外号是暴龙的美少女夏洛特，但是没想到在决斗途中竟然发生意想不到的插曲……
新学期刚开始，高中生·坂井悠二一如往常过着“日常生活”。然而有一天，他冷不防遭遇”红世之王”手下的侵袭。受到一名能够把人的存在化为灵火，并吸取灵火的神秘男子法利亚格尼的攻击。悠二的“日常”生活因此整个脱节，然而就在同一时间，一名少女出现在他面前。
少女为了保护悠二不被法利亚格尼袭击，开始与悠二一同生活。悠二满怀感激向少女道谢，不料少女却如此低喃：“你已经不存在了。”
就读于拥有悠久庄严历史的圣玛格丽特学园的留学的东方少年久城一弥，某天在学园图书馆塔上方、绿意盎然的温室内与一位身著华丽服装、犹如洋娃娃般美丽的少女——维多利加相遇。维多利加拥有如侦探一般聪明的头脑和敏锐的洞察力，只要在她所到之处，再怎么离奇的谜团都会被解开。之后维多利加与久城一弥遭遇了种种怪异离奇事件并揭开了维多利加的身世之谜。
1999年，长野县长野市松代的皆神山坐落着一座私立学院。这座学院因为接二连三发生奇怪现象，被周围的人称作“超自然学院”。这座学院的校长和学生都夜以继日的研究这些奇怪现象。校长去世后，非常讨厌“超自然”的校长的女儿神代玛雅接替了他的位置，她遇见了从2012年穿越来的内田文明。这之后，他们二人不断遭遇学院内的奇怪现象，最后终于得知了内田文明回到1999年的理由。