故事发生在21世纪初叶的日本，此时的年号是“平诚”。虽然锁国政策已经完结，但德川幕府的统治还在继续。在富士山的山脚有一间巨大教育机构·武应学园塾。这里的部分学生对德川家进行反抗，学生会执行部称其为“丰臣狩猎”，并对其进行镇压。本作的主人公、柳生道场的代理师傅·柳生宗朗虽世代为德川效力，但他却对执行部的镇压行动抱有疑问，为此却被学生会命令撤走道场。撤走期限即将来临之际的一天晚上，宗朗与真田幸村后藤又兵卫被学生会直辖部队追杀逃进柳生道场秘密房间后，突然从天花板堕下一名手持双刀的全裸美少女。自称柳生十兵卫三严的少女击退了强袭道场的服部忍者，从此之后，就有众多日本历史上的武将以少女身份出现在宗朗面前。
文武双全的完美会长，其实是一个女仆，原男校星华高中里，男生占了全部学生的八成以上。而那帮占少数的女学生只能一直忍耐着大咧咧又粗暴的男生，度过高中的每一日。打破了这种局面的，是本校首位女学生会长——鲇沢美咲。文武双全的美咲，为了让学校生活变得规律化而每日奋斗着。可是，美咲她却有一个不为人知的秘密。那就是她正在“女仆咖啡店”里打工。努力不被旁人发现而努力地打工着的她，居然被学校第一的帅哥碓冰拓海发现了这个事实，迎来了最大的危机。美咲的“学生会长”与“女仆”的二重生活逐渐展开。
日本北海道的一间被常客评论为“危险的感觉令人上瘾”的家族餐厅，名为“瓦古娜利亚”。
店员小鸟游宗太是个性是常常被叫错的人，喜欢小东西的他简单来说就是一个萝莉控！有如店里吉祥物般存在的种岛白杨，不管是身高长相个性都不像是17岁的17岁高二学生，受到店员们的疼爱；患有男性恐惧症的伊波真昼，接待女性顾客相当完美，对男性顾客确不知所措直接拳脚相加；爱慕着店长，只要有人对店长比较亲近的话，就会对那个倒霉鬼拨刀相向的轰八千代；厨师两位，腹黑爱捉弄人的相马博臣与种面恶心善的佐藤润；以及基本不做事的店长，原本是不良少女的白藤杏子等，集结这些奇妙的人物的餐厅会有人光临吗？
而伴随着新加入的工读生也带来了更多有趣的话题，描绘发生在店里的各种日常趣事动画由此展开。
一个现在还存在着忍者的世界中，现代忍者的雇主，是政治家、大企业的干部们。持有强大权力的人当中，有著一些将忍者当作满足自己欲望的道具的人存在。为了对抗这些在黑暗中的“恶忍”，政府开始执行了某个计划―“善忍”―也就是养成属於国家的忍者的秘密计划。为了养成“善忍”而成立的机构，“内阁特务谍报部一课付特殊机密谍报员养成所”，通称、忍学科。在拥有一千名学生的名门升学学校“国立半藏学院”中，不为人知的内面。为了与邪恶战斗，“善忍”们奉献自己的青春，正在“国立半藏学院”忍学科中就读的五名少女，鼓起勇气与恶忍战斗。五位女忍者性格各异，她们分别是飞鸟、斑鸠、葛城、柳生、云雀。
主人公瓜生新吾是“各务台学园”中的普通学生。不过该学校由于各种原因的关系，在新学期开始的时候将同名叫“结姬女子学园”的名门女校进行合并。为了让学生能够更加融洽地相处，校方在新学期开始之前实行了试行合并，包括新吾在内的数十名各务台学园生试验性地到结女学园上学。而男生的出现也在女校引发了不小的骚动，众多个性丰富的妹子们也扎堆似的出现在了新吾的面前
随着未来科技的飞速发展，人类在2301年将一颗蛮荒行星火星改造成为美丽的“水星”，并命名为“AQUA”。那里最著名的观光都市“新威尼斯”有着一群心怀梦想的少女，被称为“领航员”的她们每天以小船载着游客领略城市的美景。15岁的水无灯里从高度电子机械化的地球只身来到“新威尼斯”，在一所名为“ARIA”的小领航员公司找到了工作，就此开始了她的领航员生涯。
这是有关各式各样的人们取回什么的温馨故事，同时也是有关斗争的故事。
主人公桐山零，幼时因为意外事故失去了家人，是一个背负着沉重的孤独的17岁将棋棋士。
独自居住在东京旧市镇桐山零遇见了明里、日向、桃三姐妹，少年桐山零因此发生了改变。
该故事讲述了在意大利餐厅工作的女子高中生七濑萌里菜和天才小学生厨师北原麻吕之间的故事，他们和认真对待料理的人们相遇，然后一起成长。围绕在主人公周围不同性格的人们为这部作品添上了除料理之外的色彩。跟随主人公，我们可以见证到不一样的意大利料理，还可以试着和萌妹子一起学做美食哟。
天使学校的首席天使来到了地球！……但，住惯了地球的她，开始过起整天逃学打网游的自甘堕落生活。化身为怠惰的废柴天使，简称“废天使”的珈百璃，早就把让全部人类幸福的目标抛到九霄云外，并誓言要充分享受娱乐——。
Hand Shakers——将手牵起，利用从深层心理诞生的武器“宁录”互相战斗的人们。
为了实现自己的“愿望”，从而见到神，将神打破，众多的Hand Shakers以那个顶点为目标，互相竞争。存在于那尽头的事物是——。
——大阪
擅长摆弄机械的高中生·手纲，接受了某个修理委托而来到大学的研究室。他在那里，与一直睡在床上的一位少女·小代理相遇了。如同被什么引导一般触碰到小代理指尖的手纲，听到了从某处倾注而下的声音。
——跨越众多战斗，超越试炼之人。
接受启示之人。企图见到我，挑战我之人。其为“Hand Shaker”——
由于在眼前延伸的异质世界“金字形神塔”而困惑的手纲。刹那间，手纲和小代理遭到了某人的袭击——。
企图见到神的诸多Hand Shakers，阻挡在手纲和小代理的面前。赌上他们各自的“愿望”……。
去守护吧，用这双手。