泡沫战争十数年来，世界富人和穷人的两极分化急剧地发展，日本也没有例外。富人只顾寻求自己的欲望和快乐，东京化作了满足这种欲望的快乐都市。在某个秘密俱乐部里，那是个只有特别选出的人才能被允许出入的的黑暗的社交场。而且会员中有人还能被赐予终极的快乐。
被剥夺了护照，只好呆在国内的战地摄影记者杂贺，某天被托付了潜入哪个秘密俱乐部取材的任务。在杂贺抓拍现场的同时一名叫天王洲神乐的神秘女子突然出现，其实哪女子是被俱乐部支配人水天宫作为俱乐部的象征操纵着。神乐开始向杂贺求助，因为同神乐的接触而得到了奇妙能力“写杀”的杂贺便带着神乐逃出了俱乐部。后遭了水天宫所命令来自俱乐部的追赶者，也是根据欲望得到了“特殊能力”的人们所追杀而发生的一系列事件。
故事讲述来自因帝国镇压而痛苦不堪的村子的少年剑士塔兹米和幼驯染的伙伴一起出发前往帝都谋生，在抵达帝都的途中遇到歹徒夜袭，与伙伴分离孤单一人到达了帝都。在到达帝都的第一天就被骗光了所有钱的塔兹米，被贵族的大小姐艾莉亚收留回家。在一次与艾莉亚一起去买东西的途中，意外地得知了帝都黑暗的真相。此后塔兹米与帝都的无情杀手集团NIGHT RAID的赤瞳相遇，决定以NIGHT RAID一员的身份对抗帝都的所有恶势力。
在现实中，坂本龙太是一个个性孤僻沉默寡言的宅男，但在网络游戏“BTOOOM！” 里，龙太则化身成为了实力超强的世界级玩家。令龙太意想不到的是，在某一天，本该属于虚拟世界中的厮杀蔓延到了现实世界里来，连他在内的数十位男女被某个神秘组织强制带往了一个荒岛上，在那里，进行着与网络游戏同名的真人游戏。为了生存，龙太必须利用自己的能力同素不相识的陌生人们战斗到底。
金发碧眼的少女卑弥呼，曾经的好友织田信隆，狡猾残暴的今川义名，有着双重人格的吉良康介，他们为何会被卷入这场游戏？又是谁在背后操控着大局？一切尚在迷雾之中。
107年前（743）年，世界上突然出现了人类的天敌“巨人”，面临着生存危机而残存下来的人类逃到了一个地方，盖起了三重巨大的城墙。人们以自由为代价，在这隔绝的环境里享受了一百多年的和平，直到艾伦·耶格尔十岁那年，50米高的“超大型巨人”突然出现，以压倒性的力量破坏城门，其后瞬间消失，巨人们成群的冲进墙内捕食人类。
艾伦亲眼看着人们以及自己的母亲被巨人吞食，怀着对巨人无法形容的憎恨，誓言杀死全部巨人。城墙崩坏的两年后，艾伦加入104期训练兵团学习和巨人战斗的技术。在训练兵团的三年，艾伦在同期训练兵里有着其他人无法比拟的强悍精神力，即使亲眼见过地狱也依然勇敢地向巨人挑战的艾伦，如愿以偿加入了向往已久的调查兵团。
国中二年级学生天野雪辉习惯远离所有人，以一个旁观者的角度把亲眼所见的事当作日记记录在自己的手机中。一天，时空之神Deus把未来日记植入他的手机，日记中记录的是他未来90天发生的事，包括考试内容、遇到的危险等。
这个日记代表着持有者的未来，一旦被破坏，持有者将会同日记一同消失。Deus选定了十二位未来日记的持有者、他们之间将会进行一场生死游戏，而最后生存的人将会成为Deus的继承者，掌握支配时空的神之座。起初、弱小的雪辉选择联手爱慕自己的我妻由乃；随着游戏的进行，雪辉渐渐发现由乃的奇怪思想及行为。
而故事也向着内向冷淡的雪辉的成长、盲目爱慕雪辉的我妻由乃的动向、以及十二位独具个性的未来日记所有者进行的斗争展开。
独自生活的贫穷高中生浅野真一郎，在级任老师的推荐下，来到校内同学年的岛津朔邪家打工当帮佣。
真一郎才刚来到岛津家，就莫名其妙地被卷入与妖魔战斗的情况中！
而且他还发现了原来封魔除妖是岛津朔邪的维生工作。
就这样，真一郎打工帮佣的内容除了家事之外，还包括必须帮助岛津封魔除妖……
而在各种因缘际会之下，事态突然出现激烈的转变!?
本作故事略带悬疑色彩，舞台设立在了特别的地方——美浜学园，主人公风见雄二转校来到这里，而这个学园中只有5名少女：喜欢独处的大小姐、温柔而且喜欢照顾别人的少女、金发双马尾的傲娇女、天真活泼的妹系角色、认真且喜好穿女仆装的班长。与这5名性格各异的少女相遇，雄二的命运会发生什么变化呢，而总共只有6个人的美浜学园究竟隐藏着怎样的谜团，这一切正要开始上演。
不久的未来，人类在与病毒性寄生生物“原肠动物”的战争中败北，人们被驱逐至狭窄的领土并怀着恐惧与绝望苟且偷生。居住於东京地区的少年里见莲太郎是对抗原肠动物的专家“民警”一员，而他的搭档蓝原延珠则是一位有点早熟女孩子。以特殊能力战斗的两人某天接获了政府的特别命令，内容则是避免东京毁灭的高度机密任务……
2036年，日本东京核电厂发生爆炸，全市受到严重的核辐射污染，遭到封锁。这座曾经繁荣的首都城市如今变成了死城。与此同时，三名经过基因改造的、体内具有辐射抗体的女高中生，成立了一支代号为“柯佩莉昂娃娃”的救援队伍。她们仅凭借三人之力，以自己的眼睛去搜寻着生还者。在救援过程中，她们面临着危险的断垣残壁以及恐怖的变种生物，她们要在困难中突出重围，拯救生还者。
20世纪末，15岁的少年榊原恒一由于父亲前往海外公干的原因，于是来到亡母的家乡夜见山市，暂住阿姨三神怜子家中等待转入新的学校。在此期间，他的旧病复发，入院治疗，某夜，恒一在空荡荡的走廊内邂逅一名穿着他即将入学的学校的校服的、左眼戴着眼罩但阴气逼人的少女，这似乎预示着一段不平凡生活的开始。病愈出院，恒一顺利转入夜见山北中学3年3班，同学们热情亲和，可是似乎对他隐藏着什么秘密，而且他也再次看见医院的那名眼罩女孩——同班同学见崎鸣。当他尝试接近见崎时，殊不知自己已经无意间掣动了死亡的闸门……