某天，老牌网游《幻境神话》在引入第十二次资料片改版“开拓智域”之后，将日本三万名在线用户囚禁在了游戏中。
而游戏资历8年的大学生·城惠也被卷入了异世界之中。不断的与怪物战斗、想死也死不去的际遇。发生任何风吹草动都会被不安驱使的玩家充斥在街头，大和地区的最大都市“秋叶原”就这样失去了秩序。如同一匹孤高的狼般自负的城惠和老朋友·直继、美少女刺客·晓一起创立了公会“记录的地平线”。
于是，在这个现实与游戏奇妙融合的世界中，不善与他人交往的内向年轻人和伙伴们就此一起踏上了从废墟秋叶原开始改变世界的旅程。
故事发生在关东南部的城市川神市。时间是从4月到11月，主人公直江大和与年少时结成的伙伴们一起就读于同一所学校——川神学园，由三男五女的伙伴一起演绎的学园闹剧开始了。五位主要女主角都是拥有武士的血统并且习武的女子，分别对应了新渡户稻造的作品《武士道》一书中“武士必须的五个要素——【诚】，【勇】，【仁】，【礼】，【义】。”
被谜之转校生——千斗五十铃强迫而接受游乐园约会的可儿江西也，不知何故被拉到的地方，却是一个充满了破旧游乐设施的日本第一的遗憾游乐园——甘城辉煌游乐园。这座游乐园建立于泡沫经济全盛期，近年假日来客人数不超过3000人，同时也是臭名远播的最糟约会地点代名词，现在最大的问题是，三个月内来客人数如不满50万人就得关闭。
被引荐给了游乐园的管理者，“真正的”公主——拉媞珐的西也，不知为何突然被托付了重建这个陷入闭园危机的游乐园的重任。
原来，这里不是游乐园——？！
水明艺术大学附属高中校外独立宿舍，通称“樱花庄”是群聚了一群充满各式问题学生入住的特殊公寓，被一般人作为“怪人的巢穴”看待。因无法抛弃弃猫而被赶出一般宿舍的主人公神田空太也是其中的一份子。
本来应该以“脱出樱花庄”为目标的空太，却由于天才画家椎名真白的入住，导因于其连穿衣服都无法完全自行处理的“超”字辈等级的生活白痴水准，空太莫名奇妙的肩负起有如宠物般的“饲主”责任，开始了照顾真白和被其耍弄的哭笑不得的日子。
创校已有 50 年的女子高校“私立樱才学园”，因受到少子化的冲击，不得不改制为男女合校。但因为是第一年同时进行男女招生，男生人数还相当稀少，全校男女生的比率为女生 524 人:男生 28 人。故事的男主角津田隆利，作为改制后第一年入学的28名男性新生之一，因缘际会之下被拉入了学校的学生会。在外人眼中，学生会正常应该像是后宫一般的人间天堂，但是在津田身边的三位学生会女干部的性格都非常独特。这些对异性有着好奇心的青春期少女们，藉着以讹传讹的错误知识以及天马行空的脑内补完，不断的爆出许多惊人之语。不过，原本应该要是婉若身处于后宫之中的男主角，却必须忙着吐槽女生们，根本毫无闲情逸致体验美好的校园生活。