15年前，世界发生了一场前所未有的“大灾害”，在日本的废墟上，居住着被称为“食人者”的怪物，幸存的人们只能互相依靠、小心翼翼地在这个世界上生活。
在东京经营着“万事屋”的贵留子，接受了一名女性的神秘委托，任务是将少年小丸护送到“天国”去。小丸称：“据说“天国”里有个与自己长相一模一样的家伙。”但除此之外便一无所知，于是两个人就这样踏上了寻找“天国”的旅程。
另一方面，有一群孩子生活在高墙耸立的“学校”中，这里有园长和温柔的老师等，他们每天都过着富足而平静的生活。某天，其中一名少年“时男”收到了一则神秘信息。
“你想去外面的外面吗？”对于第一次萌生的疑惑，孩子们对原本的生活开始产生了动荡。
“欢迎来到莉贝女子学园！”
这是一所虚构的女子学校。店员们化身为姐妹（SCHWESTER），高雅优美地在这接待厅内为顾客服务。
总是希望能被人怜爱而振奋内心的阳芽，因某事件而得过来莉贝女子学园这当个学生店员。
在这遇见女学生绫小路美月，顺口就叫她“姐姐大人”……？
外在的演技和内在的真实开始绽放，虚拟与真实的生活就此展开。
“我要跟柔道一刀两断！”在高中里交个男朋友酸酸甜甜的度过三年。晒伤时柔道服一摩擦就痛得要命，因为寝技头发一掉就是一大把，寒冬练习苦不堪言，一下流鼻血一下骨折的，还会失去意识，结果也没有变得多厉害，她决定不练柔道了。
“所以……所以拜托别让我想起来啦。拿下一胜的痛快。”
岩仓美津未从乡下的小初中，以第一名的成绩考入了东京的高升学率高中。这位乡村神童心怀完美的人生蓝图、独自来到东京。她成绩优异，却与他人有着独特的距离感，稍显格格不入。她虽然偶尔会失败，但还是凭借天真的性格一点点打动班上的同学，使他们那各不相同的性格逐渐交叠。相遇、相知、最终心意相通。人人都会有心烦和焦躁之时。而无可替代的朋友，定将带来互相理解的契机。这是个偶有杂音却能让人不知不觉快乐起来的校园生活喜剧。
季节变迁，高木与西片升上了初中3年级。尽管周围的人们开始考虑起各自的将来、不安和期待夹杂在一起，但高木与西片二人的距离还没发生改变。随后，初中最后的夏天就要开始了。
在暑假开始的前一天，高木与西片在回家的路上偶遇一只小小的幼猫。他们将那只猫命名为“花”，于神社中做出了在找到母猫之前要照顾好花的决定。二人一边回忆起过去，一边守护着花。这场小小的邂逅，带来了充满幸福的盛夏之日，而崭新的想法也随之孕育。
樱田纯是一名不愿上学而长期不出家门的中学生，热衷于上网购物，喜欢在购买物品后的退货限期内退回物品。有一天收到一封自称是人工精灵荷里耶的来信，上面只写着“上发条”、“不上发条”的选项，在好奇心的驱使下选择了“上发条”，之后房间就出现了一个没有署名的神秘皮箱，里面装着一个美丽而且质感近似真人的人偶少女。当纯使用木箱内的发条转动背部的开关后，人偶有生命般地活动起来，对纯说：“我是真红，蔷薇少女第五人偶。”正在这时，突然了出现被神秘人操控的小丑布偶，在生命受到威胁的紧急情况下，纯虽万般无奈还完全搞不清楚发生了什么事，却只能稀里糊涂地成为了真红的媒介，结成主仆关系。之后，一个个结下类似契约的人类和人偶出现在纯和真红面前，称为“蔷薇少女(Rozen Maiden)” 的人偶们的战斗就此展开了……
迷宫都市欧拉丽，被统称为“迷宫”，拥有宏伟地下迷宫的巨大城市。
在这条街上，与一柱小女神相遇的冒险家志愿的少年，组成了伙伴，挑战了迷宫，穿过了很多死地，完成了进一步的“升级”。
给那样的他带来的一封信。写的是向迷宫未到达阶层的远征任务。
面对未知的冒险，少年和伙伴们一起迈出了新的一步。
这是少年的步伐，女神的记载——【眷族的故事】
成为“怪异”们的智慧之神，日日解决着因“怪异”们而发生的麻烦事的少女·岩永琴子，她一见锺情的对象·樱川九郎，竟是连“怪异”都会惧怕的男人。
不平凡的两人一起面对因“怪异”们而起的奇妙事件 [恋爱×传奇×悬疑推理]。
落在两人身上的异想天开事件，以及这场恋爱的结局究竟会何去何从
男孩子气的女孩子x迟钝童年玩伴共谱的青春恋爱喜剧。女高中生相泽智（小智）喜欢童年玩伴——久保田淳一郎，每次她想展现女孩子的一面给淳一郎看，都会失败收场。究竟小智那份笨拙的心意，能不能传达给淳一郎知道呢？
“被学妹弄哭了！”
某天放学后，在偶然路过的图书室里，被超级“抖S”的学妹盯上了！欺负前辈、对前辈发难，吵闹的她的名字是——“长瀞同学”！
可恨却又可爱。让人痛苦却又让人想要靠近。这是让人心中觉醒些什么的“S娇少女”的故事。